随着阿不都的人头落地，鲜血喷洒在莎车城的土地上，曾经威震西域的叶尔羌汗国也彻底画上了句号。
林士奇站在莎车城的城楼上，望着城中残垣断壁，心中感慨万千，叶尔羌汗国既灭，这片广袤的土地自此纳入乾朝版图，乾朝疆域之盛，已至历朝之巅。
随后林士奇在莎车驻军三千余人，其余诸城或驻军五百，或千余人，半月后，一切交接事宜妥当，林士奇下达了班师的命令。
这一仗，从发兵再到结束战争，历时大半年，无论是蒙古诸部还是乾军将士，所有人都想家了，因此，班师的消息传入军中，所有人皆是欢呼雀跃，不仅是可以回家看望家人，更多的是准备回去受赏。
而在乾军班师不久后，一些叶尔羌汗国旧部，不满汗国被灭的现状，趁乾军离开后，聚兵反叛，而其中最大的一股，便是以阿拜陀为首的叛军。
刚刚行军至嘉峪关的林士奇闻讯，大怒，随即林士奇命麾下的古尔布哈率骑兵万余人，回返平叛。
古尔布哈有些郁闷，但军令如山，容不得他质疑，随后林士奇私下召见古尔布哈，言：“此去平叛，无需宽宥，凡参与叛乱者，不论男女老幼，一概格杀勿论！”
随后，林士奇盯着古尔布哈，一字一顿道：“本帅要让叛乱者之血，染红叶尔羌的每一寸土地，令其胆寒心惧，永不敢再生反意！”
昭武十年，十一月末，古尔布哈在野战中，击溃阿拜陀叛军，斩首一千余人，俘六千余众。
史记，昭武十年仲冬，古尔布哈于野战败阿拜陀叛军，斩千余级，俘六千，旋即尽斩降卒 。
随后古尔布哈在西域诸城来回奔袭半年有余，在严厉的杀戮下，叛军尽没，西域遂平。
昭武十二年，漠北反对乾朝的斡亦剌部落，在乾军联合漠南及漠北诸部的驱赶下，其部西迁，但在乾军的追杀下，其部星散，漠北诸部悉数降服，孟浚效仿漠南，以分割牧场，及盟旗制度，控制漠北草原。
昭武十四年，乌斯藏经过了残酷的政治斗争后，僧格之弟噶尔丹在乌斯藏被杀，控制乌斯藏的和硕特汗国爆发内战，而在其后不久，乾军势力进入乌斯藏。
昭武十五年，乾朝和罗刹在边境数十年的争端结束，罗