阎鼎即裹挟司马邺，乘坐牛车，经宛县奔武关，多次遇到山贼拦截，士卒逃散，停留在蓝田。阎鼎告知雍州刺史贾疋，贾疋立即派州兵迎接护卫司马邺，到达长安，又使辅国将军梁综帮助守卫长安。3
永嘉六年九月初三日（公元312年10月19日），阎鼎等人拥立司马邺为皇太子，登坛祭天，建立宗庙社稷，实行大赦。给贾疋加征西大将军称号，以秦州刺史、南阳王司马保为大司马。贾疋讨伐贼张连，被张连杀害，众人推举始平太守麴允兼任雍州刺史，担任盟主，按照朝廷制度，选拔设置官员。
纷乱即位
永嘉七年（公元313年）四月初一，司马邺得到晋怀帝的死讯，举行哀悼祭奠之礼。四月二十七日，司马邺即皇帝位，大赦天下，改年号为“建兴”，是为晋愍帝。任命卫将军梁芬为司徒，雍州刺史麴允为使持节、领军将军、录尚书事，京兆太守索綝为尚书右仆射。5
五月十八日，任命镇东大将军、琅琊王司马睿为侍中、左丞相、大都督陕东诸军事，大司马、南阳王司马保为右丞相、大都督陕西诸军事。6
时逢永嘉之乱，天下崩离，反抗四起，故在位期间，苟延残局。长安户不盈百，蒿棘成林，仓麦数十赶，众唯一旅。为取得关中地主武装的支持，凡坞垒之帅悉授将军之号。23
当时的西晋皇室、世族已从京师洛阳纷纷迁至江南，西晋中原王朝至此名存实亡。
建兴三年（公元315年），晋愍帝多次向丞相司马保征召军队，司马保身边的官员都说：“被蝮蛇咬手，壮士便截断手腕防止蛇毒蔓延。现在胡人贼寇士气正盛，应当暂时截断陇地的道路来观察事态的变化。”从事中郎裴诜说：“现在蛇已经咬头，头难道也能截断吗？”司马保这才以镇军将军胡崧为前锋都督，等各军集中后进发。麹允想护送晋愍帝到司马保那里，索綝说：“司马保得到了天子，一定会放纵他自己的私心。”于是就没有行动。这样长安以西的地区，不再进贡尊奉朝廷，朝廷中的文武百官都饥饿困乏，靠采集野生的谷子来生存。7
投降汉赵
建兴四年（公元316年）八月，汉赵刘曜率军围攻长安，长安城内外断绝联系。8
十月，长安城发生严重饥荒，米价