准备兴兵南下的消息，建邺震动。不久，石勒引军骚掠豫州诸郡，临江而还，屯兵于葛陂，有渡淮入江、夺取建邺的打算。司马睿将主力全部集中在寿春，任命熟悉水势的纪瞻为扬威将军，统帅各部。由于连降三月大雨，石勒军饱受饥疾困扰，被迫撤退北上，江东形势这才化险为夷。
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永嘉六年十二月（313年1月），司马睿写信召回被杜弢、王冲起义军驱赶到沌口（今湖北汉阳东南）的荆州刺史王澄，改派名士周顗接任，企图进占荆州。但由于受到流民军的攻击，周顗无法在荆州立脚。
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无意北伐
永嘉七年（313年）二月，晋怀帝遇害。四月，占据长安的秦王司马邺称帝，即晋愍帝。愍帝任命司马睿为左丞相、大都督（一年后又进位丞相27
），负责都督陕东诸军事，与右丞相、南阳王司马保“分陕而治”，试图拉拢他们共同抗击汉赵政权的攻势。但司马睿以“方平定江东，未暇北伐”为由，拒不执行愍帝要他收复洛阳的诏令28
。当居住在京口（今江苏镇江）的祖逖上书要求出师北伐时，司马睿任命他为奋威将军、豫州刺史，只给了少量人员、物资，允许他自行募兵出击29
。
司马睿无暇北顾并非全是托词。在南方，不仅荆州的动乱一直未平，就连位居腹心的扬州也出现了麻烦。这时，不满于司马睿压制的周玘联合东莱大族王恢起兵，打算消灭北来士族，由南士取而代之。后因密谋暴露，周玘遂杀王恢灭口。司马睿不断调动，以羞辱周玘，使其忧愤而死30
。临死前要求其子对“诸伧子”复仇。周玘死后，其子周勰在建兴二年（314年）利用吴人对司马睿的不满情绪，再度起兵，招募土豪，声言进讨执政的王导、刁协，声势浩大。司马睿采纳王导的建议，派在朝廷任黄门郎的周勰族侄周莚前往处理事变，最终以温和手段安抚了吴人。司马睿考虑到义兴周氏在三吴地区的影响力，所以没有深究此事，照旧安抚周勰，并任命不同意起兵的周勰叔父周札为吴兴太守，擢升周莚为太子右卫率
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。
就在此时，远在荆州的刺史陶侃击败杜弢所领导的流民起义军，并收复了湘