公元342年），袭封琅琊王。永和年间，历任散骑常侍、中军将军、骠骑将军。升平五年（公元361年），崇德太后扶持下即位，年号隆和。在位时期，内部军阀斗争激烈。大司马桓温执政，几次兴兵北伐，虚耗国力。北方鲜卑慕容部日益猖獗，多次打败东晋，导致东晋走向衰败。兴宁二年（公元364年），修习断谷饵药以求长生，导致身体中毒，不识万机，请求崇德太后临朝摄政。1
兴宁三年去世，时年二十五岁，谥号哀皇帝，葬于安平陵。爱好书法，代表作《中书帖》等。
人物生平
早年经历
晋哀帝司马丕生于咸康七年（公元341年）。
咸康八年（公元342年），受封为琅邪王。同年，晋成帝去世，本应司马丕登基，但中书令庾冰因害怕失去权势，遂以司马丕年幼为由，拥戴司马丕叔父晋康帝登基，改元建元。3
永和元年（公元345年），拜散骑常侍。
永和十二年（公元356年），加中军将军。
升平三年（公元359年），任骠骑将军。4
登基为帝
升平五年（公元361年）五月，晋穆帝去世，皇太后褚蒜子下令说司马丕本来早就该登基为帝，他是皇室正统，如今没有人比他更适合当皇帝。于是司马丕登基。5
五月，司马丕登基后大赦天下，同时封弟弟司马奕为琅琊王。6
同年七月，将晋穆帝安葬在永平陵；九月，立妃子王穆之为皇后。7
隆和元年（公元362年）正月，前燕将领吕护、傅末波攻陷小垒，兵临洛阳。8
正月十三日，推尊生母亲周氏为皇太妃，进升琅邪王司马奕为侍中、骠骑大将军、开府。9
四月，吕护再次侵犯洛阳。五月，司马丕派北中郎将庾希、竟陵太守邓遐率领水军救援洛阳。七月，吕护军退守小平津。9
十二月初一日，出现日食，司马丕下诏表示要减轻严峻繁琐的赋税，周详地商议法令，全部遵循减损之要。10
兴宁元年（公元363年）二月，改元并大赦天下。三月，司马丕生母皇太妃周氏去世于琅邪府，皇帝奔丧，诏令司徒、会稽王昱总管内外众务11