去迎奉司马奕，司马奕当天即皇帝位，大赦天下。7
三月二十九日，将晋哀帝葬于安平陵。8
第二年，改元太和。
被废去世
司马奕即位之时，桓温掌握朝政，桓温有意废掉司马奕自立为皇帝，但司马奕本身并无过失可言。
太和六年（公元371年）十一月，桓温便指司马奕阳痿而不能生育子嗣，其男宠相龙、计好、朱灵宝等在宫廷参侍，后宫所生三子可能并非皇帝亲子，于是逼崇德太后褚蒜子下诏废司马奕为东海王。9
即日，桓温派散骑侍郎刘亨进宫收缴了国玺，逼司马奕离宫。司马奕穿着单衣步出西堂，乘牛车出神兽门，群臣哭着拜别。桓温命令部下带领数百兵士押送他回到原东海王府。19
咸安二年（公元372年）正月，降封为海西公。同年四月，司马奕被迁往吴县西柴里居住，由吴国内史刁彝和御史顾允领兵监管。时人都同情他，不少人假借他的名义，声称奉他的诏命，聚众起事，反对朝廷。司马奕知道这些情况后，深居简出，闭门谢客，小心谨慎地度日，尽量避免嫌疑。
咸安二年（公元372年）十一月的一天清晨，卢悚派弟子许龙秘密来到司马奕居处，自称奉太后密诏来迎司马奕回京复辟。司马奕听了有些心动，想要答应。这时，他的家眷出来极力劝阻，他于是又拒绝出门，并斥退许龙。司马奕自知复辟无望，又怕再遭祸端，便有意表现得平庸以求平安，整天在家沉迷于酒色。朝廷以司马奕安于屈辱，总算避免了杀身之祸。10
太元十一年十月甲申日（公元386年11月23日20
），司马奕病死于吴县（今江苏省苏州市吴中区、相城区一带），时年四十五岁。11
为政举措
司马奕即位当天大赦天下。决定将晋哀帝葬于安平陵。第二年，改元太和。
太和元年（公元366年）九月甲午日，司马奕下令特赦梁、益二州。
历史评价
桓温、崇德太后褚蒜子：“不图德之不建，乃至于斯。昏浊溃乱，动违礼度。有此三孽，莫知谁子。人伦道丧，丑声遐布。既不可以奉守社稷，敬承宗庙，且昏孽并大，便欲建树储籓。诬罔祖宗，颂移皇