波什早就出现在了集会中。
原来过去的宝箱不要打开，在千年后再次打开就会开出极品装备。
原来主角在‘庆典集会’上即使做对了所有事情，也依然会无罪入狱，被关押几天只不过才几天而已，又不是死刑，至于越狱吗？
原来在古代的大海啸之后保留下树苗种子，然后带到中世纪沙漠中的菲欧娜小屋，让机器人罗伯留下帮助菲欧娜绿化沙漠，在1000年现世中的沙漠就会消失，变成一个绿意盎然的大森林。
而罗伯也在风雨无阻的植树造林400年后，成为当地村民的‘神’，早已损坏的罗伯被供奉在神殿中，等待着未来的主角们去重新维修、激活它。
虽然对于主角们来说，这只是穿越两个时空门的事情，但对于罗伯来说，却是经历了400年的沧桑。
游戏无时无刻不体现着时间的沧桑和过去、现代、未来之间的影响。
堀井雄二强大的剧情编辑能力被完全激发出来，《超时空之轮》的故事就像一棵茂盛的大树一样，拥有无数的分支，一环扣一环，紧密相连。
尤其随着二周目的展开，玩家们发现自己可以随时挑战最终boss：拉沃斯。
而在不同的时代、不同的条件下挑战boss，都会出现各种不同的通关结局，而在通关动画中，熟悉的队友们也都有着不同的‘未来’。
未来的机器人还没有被写入灭世程序，罗伯和粉色机器人，就像克罗诺和玛尔一样，也命运般的相撞、偶遇，然后坠入爱河。
青蛙骑士独自挑战魔王
青蛙骑士回复成人类，然后和丽内王妃举行了婚礼
露卡穿越回过去，救回了妈妈，避免了遗憾
克罗诺和玛尔驾驶着时之翼“席尔巴德”在星空飞翔
除了这些正统结局，游戏更是安排了很多恶搞兴致的结局。
比如青蛙骑士和丽内王妃结婚，让整个王室都变成青蛙的青蛙结局。
比如恐龙没有灭绝，最终取代人类成为世界主流种族的恐龙结局。
比如在二周目一开始时，直接击败拉沃斯更是会进入最特别的结局，玩家将可以在时空的尽头进入特别的房间，见到游戏所有的制作人员。