华轶与琅玡王司马睿不和，陶臻担心将来会祸及自身，便以生病为由回到陶侃身边。
他对陶侃说华轶有大志而无才能，并且和琅玡王有矛盾，灾祸很快就会降临到他身上。
陶侃大怒，将陶臻送到华轶处，陶臻却转而东投司马睿。
司马睿任命陶臻为参军，并加授陶侃为奋威将军，赐赤幢曲盖轺车及鼓吹。
自此，陶侃也投到司马睿麾下，同时与华轶断绝了来往。
永嘉五年，永嘉之乱发生，洛阳被刘渊攻陷，晋怀帝被掳，司空荀藩推荐司马睿做盟主，但是华轶不服从。
司马睿于是派左将军王敦率领甘卓、周访、宋典、赵诱等人讨伐华轶。华轶战败被斩。
司马睿任命甘卓为湘州刺史，周访为寻阳太守，又任命扬武将军陶侃为龙骧将军，兼任武昌太守。
陶侃在武昌时，天下饥荒，山中常有蛮贼拦截长江上的船只抢劫。
陶侃安排部下假扮商人在商船上引诱盗贼，盗贼中计被捉。
陶侃审问后得知这些盗贼原来是西阳王司马羕的部下，于是派兵逼司马羕交出其余盗贼。
司马羕迫于压力把自己帐下的二十人绑送出来，陶侃将他们全部斩杀，从此水陆交通安全顺畅，逃亡在外的人也相继归来。
陶侃竭尽财力资助他们让他们能安家定居，同时在郡东设立与夷人交易的市场，获利颇丰。
永嘉六年，建平郡逃亡的难民首领傅密聚众起兵，迎接巴蜀难民首领杜弢。
司马睿派陶侃击杜弢，命振威将军周访、广武将军赵诱受陶侃指挥。
陶侃令二将为前锋，侄儿陶舆为左翼，向杜弢发起进攻并将其击败。
建兴元年，荆州刺史周觊被杜弢围困在浔水城，陶侃派部将明威将军朱伺率军前去救援，杜弢退守泠口。
陶侃判断杜弢一定会偷袭武昌，于是让朱伺从小路回武昌等候，杜弢果然攻城，陶侃命朱伺迎战，大破杜弢，杜弢逃回长沙郡。
“周觊从浔水出发，前往豫章郡投靠征讨都督王敦，王敦留下周觊。”
“陶侃派军事参军王贡向王敦呈捷报，王敦认为没有陶侃会失荆州，于是上表推荐并任命陶侃为荆州刺史，