李建成二人自此便将他视为眼中钉，后来尉迟敬德将此禀于李世民，李世民很是感动，但又担心尉迟敬德忤逆李建成二人，会遭到报复，劝解尉迟敬德日后可以假意附和他们，不用顾虑自己的感受。
事情的发展正如李世民预料的一般，李建成派刺客去暗杀尉迟敬德。
尉迟敬德知道后，将家中所有的大门全部敞开，自己若无其事地躺在床上睡觉，刺客多次进出尉迟府的厅堂，但始终不敢进入尉迟敬德休息的房间。
这个计谋失败之后，李元吉又向李渊诬告尉迟敬德，将其关押入监狱准备问斩，经过李世民的再三请求才得以保全性命。
李建成与李元吉不只陷害了尉迟敬德，还先后诬陷李世民身边的大将军程咬金、房玄龄、杜如晦等人，他们的目的是将李世民架空，方便日后的刺杀行动。
尉迟敬德等人意识到李建成二人的目的，恳请李世民诛杀李建成和李元吉。
但李世民却认为时机尚未成熟，想要在李建成二人陷害自己的事实成立之后，再依据法理进行反击。
后来经过尉迟敬德又和侯君集连夜进言，李世民终于下定决心听取尉迟敬德等人的意见。
当时房玄龄、杜如晦都被李渊逐出秦王府，不能再来与李世民进行商议。
李世民便让尉迟敬德拿着自己的宝剑去请房玄龄和杜如晦。
如若二人还是不愿前来，就将他们的首级带回来，房玄龄、杜如晦这才进了秦王府。
武德九年六月初四，李世民、尉迟敬德等人在玄武门附近进行埋伏，率先将李建成诛杀，李元吉骑马逃向东面，尉迟敬德和部下一齐开弓将他射下马。
李世民骑马追赶，但在追击过程中被缰绳挂到地上不能起来。
李元吉上前夺过弓箭即将灭其性命，尉迟敬德一箭又救了李世民一次。
之后李建成、李元吉的部将薛万彻、谢叔方等人率领队伍聚集在玄武门，想要进行讨伐。
尉迟敬德提来李建成、李元吉的首级震慑他们，他们连忙撤走。
“在玄武门事件后，李渊仍在划船游水，于是李世民令尉迟敬德去海池中保护李渊。”
“李渊见到了身着盔甲手执兵器