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就在江南物理社开会的同时，第二次妖书案在京城之中已经闹得风雨飘摇，东林党人诬告浙党想把写妖书的罪名归罪于沈一贯的党羽，浙党侥幸挺过一关，于是展开报复，想要把妖书案的罪名归到东林党郭正域头上。
现在浙党进攻，想让嫌疑人皦生光说出不利于东林党的口供，每天一打，甚至把皦生光的老婆、妾室、孩子全部抓去审讯。
皦生光的儿子才十岁，浙党官员依旧对他审讯，以针刺其手指，非要他供出郭正域。
浙党已经不是想要询问出结果，而是拿着预设结果找证据。
皦生光一开始害怕，但慢慢却已经被打出了骨气，他知道自己活不了了，甚至全家人都要完蛋，咬牙想要报复，哪怕已经被打的不成人样，但就是不肯按浙党的要求污蔑东林党人。
而越是如此浙党越是觉得再打几顿就能得到突破。
而郭正域曾任东宫讲官，太监表示朱常洛在东宫常常哭泣询问：“为什么要杀我的好讲官？”
朱常洛已经二十一岁了，当然不是什么幼稚的哭包，他这行为就是为东林党站队，东林党一脉在争国本中全都极力保护朱常洛的皇太子地位，皇太子不能不做政治表示。
而妖书案带来的党争已经实际影响到朝廷运作，内阁的三位阁老都已经被列入怀疑名单，几个月间锦衣卫、东厂、三法司都在接连审讯抓人，朝廷上下早就没有人用心干活，都在关心党争之事。
万历也不得不出手了。
万历先是为了向天下人表示自己没有废立之心，专门跑到启祥宫召见皇太子朱常洛，抓着朱常洛的手“慈爱教训”：“尔之纯善孝友，我亦知之……尔宜安心读书，勿存惊惧。”
接着又罢免了在妖书案之中罗织两党罪名的一批锦衣卫官员和朝臣，甚至吏部尚书李戴因为在这次妖书案之中站队太明显，也直接被万历勒令退休离任。
这可是尚书级别的官员，万历皇帝压制党争的意思已经非常强，可是这场大党争中浙党和东林都觉得自己受尽委屈，满心怨气，哪有这么容易就