和东林与三党不同，身处南京的焦竑对于《中国历代政治得失》的评论则是从研究者方向出发，他对于此书的反应甚至比其他人更激动。
《中国历代政治得失》所讲的政治制度变化对于焦竑来说不算多难的议题，这本书读起来对他来说也略失浅显。
但其领导的研究方向却是让焦竑眼前一亮。
焦竑在《金陵丛谈》上激动地发表文章，直接用大白话写出《论历代政治得失与制度史学》：
“几年前，王建阳说，研究历史，不能只看古书，还要从中看出那个时代人们的思想。但能懂的人不多，我也不太明白……”
“直到看见《政治得失》这本书，真是个好榜样。”
“对于未曾看过此书的读者，我不得不做一番介绍，此书内容其实讲的是中国历代政治制度怎么变改的……不像以前的史学家，只关注皇帝、将军和打仗，他讨论的执行仅是制度一条。”
“就这一条，却写了洋洋洒洒十万字，纵横古今。”
“而且非但不让人觉得啰嗦，反而许多学者以为《中国历代政治得失》有些地方讲得过于简单……”
“在我看来这也不算坏事，这些简单的地方，正是以后研究制度史的学者可以深入思考的地方。只要把他们觉得不够的地方补充一下，就能写出新的制度研究……”
“它不仅让其他学者有更多可以研究的东西，还给过去的研究提供了新的标准和依据。”
“以前我们评价一个历史人物的好坏，总是从道德上判断。但做制度史研究，方可以真正看出这个人在建立制度时做了什么贡献。”
“比如以前认为是暴君的人，如果看看他建立的制度，可能会发现他之所以被认为残暴，是因为他在建立制度过程中触动了很多人的利益，得罪了文官，所以留下了残暴的名声。”
“还有一些我们认为是好君主的人，从制度史的角度看，他们把政治制度变得太宽松，导致有权势的家族崛起，为以后的混乱埋下了隐患。”
“如果考虑到这一点，即使不研究制度史的人，按照传统的方法研究皇帝和将军是好是坏、仁慈还是残忍，也能看到更多方面……”
“有些表面上看起来不仁慈