一只体型比较大的玛瑙水母就刚好在喵喵倒醋的正下方，那只玛瑙水母体型急速变大并进化成了毒刺水母，它先是将火箭队的游艇掀翻，将武藏和小次郎连带着瓦斯弹和阿柏蛇一起送走，但它却将喵喵留下了，用它的触手将其缠住。
毒刺水母先是将建在它们家园上的度假村的建筑尽数毁灭，它控制喵喵道：“你们人类毁灭我们的家园，那我们也要毁灭你们人类的家园，让你们也尝尝这是一种什么样的心情！”
小智看着毒刺水母身后越来越高的海浪，现在再解释什么，相信毒刺水母都听不进去了。他唤回宝可梦们，带领着众人一起先去避难了。
小霞站在高楼上喃喃道：“怎么会这样？玛瑙水母它们只是想安静的生活，事情怎么会变成这样？”
小智安慰道：“当务之急是阻止这一切，小霞在小刚回来前，来帮我！”
小霞长长的吸了一口气，在看向小智的时候，眼里无比坚定：“好。”
小智先使用了妙蛙种子的藤鞭将他和小霞送到了这座高楼的屋顶，然后让比比鸟带着皮卡丘在空中先与毒刺水母交流。
皮卡丘的一番话果然让毒刺水母暂时停下了攻击。
小智道：“毒刺水母停手吧！”
小霞道：“毒刺水母你们的意思人类已经知道了！”
毒刺水母控制着的喵喵说话了：“你们人类知道什么？人类毁坏了我们的家园，我们之前都忍了，但人类居然还想将我们赶走，我们又做错了什么呢？”
小智道：“你们没有做错！毒刺水母，你们什么都没有做错，你们想保护家园不受破坏一点都没有错！错的是那些破坏你们家园的人。但请你看看四周吧！你已经将这个城市淹没了大半，怨恨也就会诞生，你毁坏人类的，人类毁坏你们的，这样意义在哪里？”
小霞道：“小智说的对，我们都是抱着人与宝可梦们和谐相处的愿望而出发旅行的训练家，毒刺水母你放心，我们会解决这件事的。”
毒刺水母控制下的喵喵：“我就相信你们一次，如果再次发生这样的事情，下次我就会带领着海里所有宝可梦对人类发起更加猛烈的攻击。”
毒刺水母将触手上的喵喵随手一扔，带领着玛