，宝可梦们都恢复了原状。帅哥先生提前联系的君莎小姐以及国际刑警将等离子团全部打包带走，又一个邪恶组织在小智的手上终结！
酋雷姆重新获得了自己的本源力量后就回到了精灵球中，当初跟随小智也只是单纯认可了这个人类训练家，现在是真正的认定了他就是自己的训练家了。
等离子团的覆灭，压在n与荷莲娜和巴贝娜身上的枷锁也就消失了，n邀请道：“荷莲娜，巴贝娜，跟我一起去看看雾以外的世界吧！跟我一起去旅行，在这个现实的世界旅行！”
荷莲娜道：“要往哪里去呢？”
n道：“往理想的地方去！我想要找到将理想变为现实，自己能做到的事情！我需要你们的力量！”
n与荷莲娜与巴贝娜去旅行了，为了实现人类理想的世界，小智三人目送他们离开，相信以后在某处还会再次相遇！
至于老红豆杉博士听说发现了新的冰之遗迹后，带着挖掘队的成员们马不停蹄的离开