始皇咸阳坑生一事时，只是笼统地说“诸生”或者“术士”，扶苏在进谏时，则把“诸生”的意思解释得非常明白：“诸生皆诵法孔子。”——儒家代表人物孔子的徒子徒孙自然就是儒生。
为什么同一本书记述如此混乱呢可能是因为秦始皇喜鬼神之事，派人到处求仙药，于是有一些儒生便投其所好，混进术士的队伍，本想借此博取功名利禄，不想却被秦始皇所坑，所以司马迁才说秦始皇“焚诗书，坑术士”。
另外，方术之士多数也是读书人，可算是准儒生。更何况，一旦杀戮就可能伤及无辜，这些被坑的“生”中难免会有一些被错杀的儒生。
但秦始皇“坑生”的行为对秦王朝的打击是巨大的。在司马迁看来，秦始皇“焚诗书，坑术士”，对当时人们研习“六艺”是个致命打击。陈胜吴广起义之时，山东一带的儒生毅然参加义军，孔子的八代孙孔鲋还做了陈胜的博士，后来与陈胜一起遇难。陈胜能够在一个月内就建立起自己的政权，这些儒生功不可没。
按理说，儒生应该是最维护君臣纲纪的一批人，此时却纷纷跟随陈胜造反，一方面或许是因为“焚诗书”式的文化专制政策剥夺了他们进行学术研究的权利，使他们无以为生，忍无可忍之下走上武装反抗之路。同时也应该与一部分儒生被杀有关。试想，假如秦始皇坑杀的都是些装神弄鬼、招摇撞骗的方术之士，不会对儒生们产生那么沉重的打击，所造成的社会影响也不会那么恶劣。
综上所述，秦始皇焚过书，但并非尽毁;发生咸阳的坑“生”事件，其矛头主要指向方术之士，但也波及到儒生。
到了西汉始元六年(前81年)，汉武帝的财政管家桑弘羊在著名的盐铁会议上舌战群儒，发表了一通宏论，大意是，儒生们只知夸夸其谈而不切实际，表里不一，就像那些鸡鸣狗盗之徒一样，自古以来就是祸害。
鲁国国君将孔丘驱逐，弃之不用，就因为他首鼠两端，貌似圆滑其实迂腐，并没有切合实际的主张。基于同样的道理，秦始皇才烧掉儒生们的著作而使其言论不得传播，宁愿将他们活埋也不任用。(见《盐铁论》)
之后，刘向在《战国策序录》中明确地提出秦始皇“坑杀儒士”。此后，《史记》中所说的“诸生”渐渐演变成