同时，孙承宗支持登莱巡抚袁可立，以毛文龙、沈有容等收复辽南，让后金疲于奔命，难以威胁辽东。“关门息警，中朝宴然，不复以边事为虑”。
但是好景不长，因为魏忠贤派刘应坤向孙承宗示好，孙承宗没有理会。又有魏广微等人传言，说孙承宗想要清君侧。魏忠贤发动阉党弹劾，因为柳河之败，孙承宗辞官回乡。
朝廷以兵部尚书高第经略辽东、蓟镇、天津、登莱等处军务，高第上任之后便改变方略，撤退山海关外守军。
这一畏惧退缩举动，诱发后金大举西进，爆发宁远之战。宁前兵备袁崇焕，在宁远之战中脱颖而出，挫败后金进攻。
这场胜利，让天启皇帝喜出望外，称为“十年积弱，今日一旦挫其狂锋”，“庶仰雪三朝之耻，慰朕宵旰之怀”。
魏忠贤因此冒领功劳，给侄子魏良卿封爵。
袁崇焕在宁远大捷后升任辽东巡抚，辽东经略高第革去玉带闲住。朝廷派蓟辽总督王之臣，以兵部尚书担任辽东督师。
然后，袁崇焕因为擅自遣僧吊赠努尔哈赤、借吊祭议和的问题，被王之臣上疏弹劾。两人矛盾太大，王之臣引疾求去，被朝廷解任回部。袁崇焕以辽东巡抚身份，主持辽东事务。
当时在朝中担任兵部侍郎的袁可立，认为此事“辱国非计”，被阉党担心坏了魏良卿封爵，廷推为南京户部尚书，被迫致仕回乡。
在这之后，黄台吉率领后金兵马围锦州、攻宁远，爆发宁锦之战。这一战中，满桂脱颖而出，袁崇焕一味防守，被认为“暮气难鼓”，准其引疾求去。
然后王之臣复任辽东督师，兼任辽东巡抚。但他仍然和袁崇焕举荐的赵率教不合，和督师辽东太监刘应坤也不合，无法理顺辽东局势。
朱由检梳理天启以来辽东封疆大吏，发现还是孙承宗督师那段时间最为稳定，没有那么多乱七八糟的事情需要朝廷操心。所以他让孙承宗复任辽东督师，把辽东上下理顺。
得到兵部尚书袁可立认同后，朱由检当即下令，把孙承宗起复为中极殿大学士，加衔南京兵部尚书，督理辽东、天津、登莱各处事务。
没有听到蓟辽二字，又想到蓟辽总督已被撤销，改为长城督师代替，袁可立道：