道合的东林党骨干，通过私人关系联系起来的。和传统朋党非常相似，却通过共同的理念，超越了地域观念。
所以东林党要比传统朋党强得多，它用共同理念超越地域观念，联合了更多的人。把以地域划分的齐党、楚党、浙党打得溃不成军，逼得一部分人依附魏忠贤，组成同样超越地域的阉党，用不讲规矩的非正常手段，把东林党打倒。
在这个党争过程中，东林党损失惨重。北直隶的赵南星、孙承宗，南直隶的高攀龙、左光斗、缪昌期、顾大章、孙慎行、钱谦益，浙江的朱国祯、魏大中、黄尊素，江西的邹元标、刘一燝、李邦华，福建的叶向高，河南的乔允升，山东的刘策，山西的韩爌，陕西的冯从吾、王之寀、王图，湖广的周嘉谟、杨涟……
这些人或是被杀、或是问罪、或是革职、或是削籍，直接打断了东林党在各地的发展。把有可能发展出地方支部的东林党，打得七零八落。
而且在阉党塑造的恐怖氛围下，很少有新人加入东林党。可以说东林党的发展势头已经被拦腰截断，再不是以前那个一呼百应、在大明各地都有人附和的东林党。
同时，在这些骨干死亡后，东林党脱胎于朋党、组织不完善的缺点也体现出来。
尤其是顾宪成、高攀龙、叶向高这些东林党核心人员的死亡，让很多通过他们形成的关系，再也形不成体系。东林党已经变得松散，没有人能整合它。
所以朱由检才敢启用东林党人，打算把散乱的东林党成员召回来一些，用以平衡朝局。免得自己留任的阉党在审查结束后重新壮大，没有人制衡他们。
对死人一向很宽容，朱由检在知道王图已经逝世后，当即把被削籍的王图恢复原官致仕，等他的死讯传来，朝廷再加恩恤。
这让东林党的官员都觉得皇帝仁慈，有人尝试着提出，应该把赵南星起复，或者回京待审。
对赵南星朱由检就很慎重了，因为这个人称得上东林党的核心人员之一，有可能整合东林党——
甚至可以说，在顾宪成、高攀龙、李三才、叶向高、邹元标这些人都去世后，赵南星是唯一能整合东林党的人。
刘一燝、韩爌、孙承宗这三位大学士，在东林党的地位，都比不上赵南星。