镐、熊廷弼的贿赂，牵连进了这桩死刑案。要想翻案的话，就得从根源上为熊廷弼平反。
这些想法，在朱由检脑海中闪过。同时也让他认识到，党争这种事情，是不讲道德人品的。杨涟坚贞不屈，很多人都佩服他，但是再好的品德，也改变不了他曾经党同伐异。
对这个人的遭遇很怜悯，朱由检想到自己登极时的遭遇，有心褒扬从龙功劳，又下令道：
“杨涟在辅佐先帝登极上有功劳，荫一子东宁卫百户，再荫一子入太学读书。”
“方从哲、孙如游、刘一燝、周嘉谟、左光斗同样按此荫叙。”
“王安已经荫他弟弟王元善东宁卫正千户，张维贤在辅佐先帝和朕登极上都有功劳，荫一子东宁卫指挥佥事。”
“其余被阉党用移宫案陷害的，全部予以重审。”
移宫案是必须翻案的，否则没有人愿意投靠皇帝当从龙功臣。
梃击案、红丸案就算了，朱由检打算只追究当事人，不想像东林党那样扩大化。
天启皇帝说的“借梃击以邀首功、借红丸以快私怨、借移宫以贪定策之勋”，未必没有道理。只是朱由检出于政治考虑，必须给移宫案翻案而已。
对这些案件的处理方针给出具体指示，朱由检让刘侨加快对诏狱中羁押人员的审理，尽量把犯人转给刑部刑罚司，交给大理寺审判。
然后他转向戚昌国和李顺祖，询问道：
“南司房组建得怎么样了？”
“各厅运转得如何，有没有什么问题？”
两人纷纷表示，没有多大问题。人事、后勤、装备、训练分工非常明确，而且是后世行之有效的制度。戚昌国和李顺祖虽然对这种划分不熟悉，却觉得比以前有条理多了，正在磨合之中。
不过朱由检对人事厅的名字，却是微微皱眉。因为他想到政务署人事科被改为了吏政科、宫中内官司设立了职官处。
出于统一名称的考虑，朱由检思考之后，下令道：
“以后人事厅改为职官厅，负责锦衣卫官吏任命。”
“训练厅下设立教育处，负责锦衣卫教育事业。”
“另外设立专门的学堂，培训专业人员。”
召