除了政治色彩外，东林党最初的学术色彩更浓。甚至可以说，他们是用儒家学说作为政治理念，把不同地方的人汇集起来。
作为东林党的大本营，东林书院是宋朝大儒杨时的讲学场所，杨时是二程的弟子，是程朱理学发展过程中的重要人物。
顾宪成等人兴复东林书院，自然是号称程朱理学的正统传人。想要把理学的解释权，掌握在他们手里。
在汇聚各地的士人后，这些人砥砺学问、相互吹捧，声望越发高隆，影响力越来越大。
在大明的廷推传统下，这种影响力，很容易影响到政治。各种怀着政治目的的人，自然汇集而来。
人数多了，东林党变得更加复杂，学术色彩变淡，政治色彩变浓。深度参与政争，然后被阉党打击。
不过即使如此，它的学术色彩也没有完全消失。甚至可以说在各地的影响力，主要建立在学术上。
儒学是修身的学问，目的就是培养君子。六君子、七君子在被阉党迫害时展现的气节，让东林党的声望变得更高，让人同情他们。
袁可立、孔贞运等中立派，之所以倾向东林党。就是因为他们的学问一脉相承，对于东林君子，自然有所偏向。
就连曾楚卿、姜逢元、余煌、华琪芳等参与《三朝要典》编纂的人，其实内心也认同他们。
可以说，东林党的思想，就是儒家的主流思想，就是社会的主流价值观。后世一些历史学者称他们为“重整道德的十字军”，并非没有原因。
正因为这样，朱由检才期盼刘宗周到来。因为刘宗周的学问高、还曾在东林书院讲学，拥有很大的影响力。
朱由检要加强东林党的学术色彩，在政治上逐渐淡化这个党派。以后再推动其它儒家学说发展，解除东林党和儒学的绑定，把东林党从根基上毁灭。
《烈皇小识》：
上谕兵部：“各处镇守内官，一概撤回。凡相机度宜，约束吏士，无事修备，有事却敌，俱听督抚便宜调度。无复委任不专，体统相轧以藉其口。各镇督抚诸臣，及大小将领，务提起精神，殚靖忠画，以副朕怀！”
上谕户部：“封疆多事，徵输甚烦，朕殊悯焉。苏松等处织造，朕不忍以衣被组绣之工，重