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后来实在堆不下，开始收取宝钞。宝钞成为废纸后，又开始收取银钱。
也因为此，工部有了收税机构，每年能收数万两银子。
朱由检要统一税收机构，怎么能放任工部乱收税，所以他把抽分竹木局，划归税务总署。以后要改为税课司，不再征收实物。
这还不止，朱由检想到匠户缴纳的班匠工银，又说道：
“班匠工银等赋役折银，以后也由税务总署统一收取。”
“未来财政宽裕后要逐步取消，减轻赋役负担。”
“朝廷是需要有人做工，不是要收那点银钱。”
“既然匠户不愿服役，以后就把他们改为民户，正常缴纳赋税，朝廷用收上来的赋税招揽工匠做工。”
这点也得到了群臣称赞，唯有工部不太开心。因为这样的话，他们开工的成本就会提高很多，无法让匠户强制服役。
但是薛凤翔这个尚书，是没有胆子违抗皇帝的。皇帝说出什么，他就要怎么做。
在削了工部的收税权力后，朱由检又转向兵部。这是因为除了户部的太仓库、工部的节慎库之外，朝廷另一个存放大量银钱的机构，是太仆寺的常盈库。
常盈库的钱从何而来呢？是因为大明开国以后，随之吏治的败坏，养马户负担越来越重，有些人宁愿交钱也不愿养马。所以太仆寺开始向养马户收钱，专门成立了常盈库，用这些收上来的钱，购买所需要的马匹。
再加上马政废弛之后，南方很多马场被开垦。太仆寺就向租户收钱，常盈库有很多积蓄。
有一段时期，太仆寺甚至是大明最有钱的衙门。
这在朱由检看来很扯淡，所以他直接道：
“朝廷设立太仆寺的目的，是获得足够的马匹，而不是用太仆寺收税。”
“各地的马场要全面清查，看情况决定能否恢复养马。”
“不养马的草场，以后就正式改为官田、屯田，由太府寺农政总署收取田税。”
“养马户的赋役折银在财政宽裕后同样要废除，不再向他们额外收钱。”
“以后要逐步明确，太府寺及其下属机构是朝廷收税的衙门，不能工部收这个钱、太仆寺收那个钱。