升的功绩并未得到应有的表彰，他在奏报战功时，坚持实事求是，不夸大其词，加之朝中缺乏有力支持，导致其仅获得微薄的奖赏，这一情况反映了当时官场的复杂与对边疆将领的不公平待遇。
次年，三边总制王越在红盐池取得了大捷，马文升亦有贡献，派遣其子马琇前往京城报捷，但经过廷臣的核查，马文升的功绩竟被认为报告不实，这显然是对事实的误解或是政治斗争的结果。明宪宗据此给予马文升“表奏不实，停俸三月”的惩罚，这不仅是一种误解，更是对一位忠心耿耿、屡建战功将领的不公。
尽管遭遇了不公，马文升并未因此消沉，反而更加坚定了他守卫边疆的决心。成化十一年（1475年）正月，他接替王越，总制各路兵马，全面负责延绥、宁夏、甘肃三边的军务，进一步巩固了西北防线。同年十一月，因其所展现出的卓越领导能力和显着的边防成效，马文升被调入朝中，升任兵部右侍郎，这一调动不仅是对其军事才能的认可，也是其职业生涯中的一个重要转折点，意味着他将有机会在更高层面上施展才华，为国家的军事安全和边疆稳定做出更大贡献。
四、整饬辽东
成化十二年（1476年）二月，马文升抵达京城，开始执掌兵部事务，其军事才能和对边疆事务的熟悉，使他在中央决策层中占据了重要位置。同年七月，面对日益严峻的边疆形势，尤其是蓟门至辽东一带的防御问题，马文升被朝廷委以重任，前往该地区整饬边备，强化防御体系。
然而，马文升在辽东的任期并不平静，他与当时的巡抚陈钺在处理辽东事务上产生了严重分歧。马文升在奏疏中直陈辽东问题，言语中不乏对陈钺政策的批评，这让两人之间的矛盾公开化。更为复杂的是，陈钺背后有当时权势熏天的太监汪直作为靠山，这无疑加剧了马文升在官场的孤立处境。
成化十四年（1478年），辽东局势因陈钺误杀女真贡使而进一步恶化，引发边疆动荡。汪直欲借此机会亲征辽东以树立个人威望，但遭到朝中明智之士如太监怀恩的反对，建议派遣朝中重臣前去安抚。马文升主动请缨，担此重任，成功安抚了建州女真与海西女真，展现了其处理民族关系的高超手腕。然而，马文升拒绝汪直派人同行的提议，这一举动无疑再次