东璧堂逐渐成为一方知名的医馆，吸引了众多求医问药者。
这段时期，李时珍不仅坐堂问诊，解除百姓疾苦，更潜心编纂《本草纲目》，整理和总结了数以千计的药物信息，为后世留下了宝贵的医学遗产。
三、潜心着述
李时珍撰写《本草纲目》的历程，是他对医学执着追求和严谨治学精神的集中体现，也是中国乃至世界医学史上的一座丰碑。在嘉靖三十一年（1552年），面对古代本草书籍中存在的错漏，李时珍决意倾注毕生心血，编纂一部全新的、更准确全面的药物学着作。他以《证类本草》为基础框架，广泛参考了800多种文献资料，开始了长达近半个世纪的着述之路。
在《本草纲目》的编纂过程中，李时珍面临的最大挑战之一是药物名称混乱和形态描述不清的问题。古代本草书籍中的错误和混淆，源于一些作者缺乏实地考察，仅凭书本转述，导致解释模糊且矛盾重重。李时珍深感“纸上得来终觉浅”，在父亲的启发下，他决定“行万里路”，亲赴实地进行调研。他足迹遍布湖广、江西、直隶的崇山峻岭，实地考察药物的生长环境，直接观察植物的形态特征，甚至亲自品尝药物，以确保记载的准确性。这种“搜罗百氏”与“采访四方”的研究方法，是李时珍超越前人的关键所在，也是《本草纲目》得以科学严谨的重要原因。
经过27年的不懈努力，李时珍在61岁那年，即万历六年（1578年），完成了《本草纲目》的初稿。但这并未结束，他继续精益求精，又用了10年时间，对初稿进行了三次大规模的修订和完善，整个编撰过程耗时40年之久，直到他去世前都未曾停歇。李时珍在1593年去世，未能亲眼见证《本草纲目》的出版。
然而，伟大的作品不会被遗忘。在李时珍去世后的三年，即万历二十五年（1596年），《本草纲目》终于在金陵（今南京）得以刊印发行，这一壮举标志着李时珍毕生心血的结晶正式面世，对中国乃至世界医药学、生物学等领域产生了深远影响。《本草纲目》不仅纠正了前人错误，新增药物374种，使药物总数达到1892种，还详细描述了药物的性味、归经、功效以及大量临床应用案例，其科学性和实用性无愧于“东方医药巨典”的美誉。李时珍