戚继光离开福建后，倭寇乘机卷土重来，攻陷了兴化城，使得福建局势再度紧张。明廷紧急调动兵力，任命俞大猷为福建总兵官，同时再次派遣戚继光率师援助，并由谭纶出任福建巡抚，统筹军事行动。然而，俞大猷认为单凭现有兵力难以彻底解决倭患，需要更大规模的军事行动。
嘉靖四十二年（1563年），戚继光第三次在义乌招募士兵后，率军进入福建，与俞大猷、刘显等将领商讨作战方案。他们决定先切断倭寇的退路，再由戚家军担任中路主攻，左右两翼由俞大猷和刘显部队配合。在四月二十日的平海卫之战中，戚继光亲自督战，戚家军在火炮的掩护下，成功突破倭寇防线，斩敌两千余，解救被掳民众三千余人。随后一个月内，戚家军连战连捷，共十二次击溃倭寇，斩敌三千余。
同年十一月，戚继光接任福建总兵官，负责镇守福建全省及浙江的金华、温州二府。不久，新一波的倭寇侵入福建，围困仙游城。戚继光率军驰援，在一个大雾弥漫的日子里，采取各个击破的战术，一举击溃倭寇，解救了被围困五十余天的仙游城。此战以少胜多，成为抗倭战争中的经典案例。
嘉靖四十三年（1564年）春，戚家军在王仓坪追击倭寇，斩首百余，迫使余党逃往蔡丕岭。戚继光指挥士兵攀岩追击，俘杀敌军一百多人。剩余倭寇逃至海上，侵扰福宁，戚继光率军李超等出击，击溃敌军，追至永宁，斩敌三百余。至此，福建境内的倭患暂时平息。
五月，戚继光与其他部队会师，镇压了“山寇”蓝松山，之后，戚家军长期驻守福建，维护了东南沿海的和平稳定。戚继光在福建的抗倭战绩，不仅稳固了明朝在东南的统治，也彰显了他卓越的军事才能和领导魅力，成为后世传颂的英雄。
4、出击粤倭
嘉靖四十四年（1565年），广东的倭患逐渐加剧，特别是潮州地区，倭寇与海盗吴平相互勾结，形成二万人的庞大势力，对沿海居民造成了极大的威胁。虽然俞大猷的部队多次对倭寇和吴平的海盗势力进行打击，但未能彻底根除。
同年春，戚继光率军与俞大猷会合，共同制定了讨伐吴平的作战计划。戚家军水陆并进，在梅岭一战中大败吴平的海盗和倭寇联军。战败的吴平被迫放弃辎重，带领一百余