艘战船撤退至闽广交界的南澳岛，企图以此为据点继续顽抗。
九月，戚继光将部队分为中、左、右三路，趁着海面风平浪静，亲自督兵渡海攻打南澳岛。戚家军在岛上展开激烈战斗，俞大猷的援军随后抵达，与戚继光的部队共同作战，几乎全歼岛上敌军，仅有吴平等七百余人侥幸逃脱。戚继光和俞大猷乘胜追击，直至嘉靖四十五年（1566年）四月，终于彻底剿灭了残余的倭寇和海盗势力，吴平在无路可逃的情况下投海自尽。
五、望着幽燕
在东南沿海的倭患平定后，明朝的北方边防问题日益凸显。明穆宗即位后，力图革新政治，阁臣徐阶、高拱、张居正等人积极推动北方边防的建设和改革。隆庆元年（1567年），在陈瓒、吴时来等人的推荐下，戚继光被调回京城，协助处理军政事务。不久，他呈递了《请兵破虏四事疏》，阐述了对边防的看法，请求获得十万大军，以平定边疆。尽管朝廷内部对任用戚继光守边意见不一，他最初被任命为神机营副将，但在谭纶的建议下，朝廷调集三万步兵和三千浙江兵，交由戚继光训练。
隆庆二年（1568年），穆宗接受了谭纶的推荐，任命戚继光总理蓟州、昌平、保定、辽东四镇练兵事务，地位与四镇总督相当，总兵官以下皆受其节制。为了便于统一指挥，朝廷将原总兵郭琥调离，专任戚继光为总兵官，镇守蓟州、永平、山海等地。次年，因平定吴平之功，戚继光被晋封为右都督。
到任蓟州后，戚继光多次上疏，分析边防问题，强调练兵的重要性。他提出的募新兵、专事权等建议得到了谭纶、高拱、张居正的支持，也获得了穆宗的批准。在戚继光的推动下，蓟州防区被划分为十二路，建立了东西协守制度，设立了七座车营，实现了车、马、步兵的协同训练。此外，戚继光还亲自督率十二路兵马，对边防进行了详细的考察，提出并实施了三千座空心台的建造计划，以增强长城东段的防御能力。
在边军的训练和改革方面，戚继光同样倾注了大量心血。他设立车营，进行车、马、步兵的协同训练，设计了拒马器，建立辎重营作为军用物资的基地，根据军队来源的不同分配不同的防守任务。隆庆六年（1572年），在戚继光的提议下，边军进行了一次大规模的军事