报复，但李化龙与董一元的严密布防，加之董一元主动出击，捣毁敌方巢穴，彻底挫败了敌人的气焰。把兔儿终因伤重不治身亡，辽东边疆因此获得了一段时间的安宁。
次年，即万历二十三年（1595年），小歹青向明廷表达了悔意，并请求在义州开通木市，意在恢复与明廷的贸易往来。同时，小歹青还提供了长昂（朵颜部落首领）即将进犯的情报。李化龙基于情报的准确性，认为小歹青有合作诚意，遂 上 疏 朝廷，提出了开通木市的五点益处，包括可以分化敌人、增加税收、改善边境民生等。明神宗采纳了李化龙的建议，木市得以开通。然而，李化龙不久因病离职，木市随之暂停，后续的重新开市计划也因与巡抚李植意见不合而陷入僵局，最终导致小歹青再度成为边患。
三、播州之役
万历二十七年（1599年），播州土司杨应龙公然反叛，其军队在飞练堡击败官军，造成都司杨国柱、指挥李延栋等多名高级将领阵亡。随后，叛军攻陷綦江，参将房嘉宠、游击张良贤遇害。杨应龙的军师孙时泰主张直取重庆，进而攻占成都，挟持蜀王作为人质，但杨应龙犹豫不决，声称叛乱仅是争夺地界，企图复制往昔的赦免模式。
闻知叛乱加剧，万历皇帝震怒，立即撤换前四川、贵州巡抚，任命李化龙为总督湖广、川、贵军务兼巡抚四川，赋予他尚方宝剑，以便快速平定叛乱。李化龙上任后，立即采取行动，弹劾不听从命令的大将，调整军事部署，令水西兵三万坚守贵州，切断杨应龙招募苗人增援的通道，同时调集大军，准备全面反击。
万历二十八年（1600年）二月，李化龙精心策划，分兵八路，从不同方向对播州发起总攻。川兵、贵州兵、湖广兵各自划分路线，每路兵力三万，其中官兵与土司兵比例为三比七。李化龙亲自督战，各路将领奋勇向前，形成对播州的立体包围。
面对官军的雷霆攻势，杨应龙派其子杨朝栋抵御，但各路官军皆大胜。杨应龙后悔未听孙时泰之计，意识到大势已去。在关键时刻，李化龙审时度势，化解了水西苗人可能的援助，加强了对叛军的封锁。刘綎率先突破娄山关，抵达海龙囤，其他部队紧随其后，形成合围之势。叛军见势穷途末路，派出使者假意求和，被李化龙识破，果