断下令拒绝。刘綎将叛军使者拘禁，以示清白。八路大军合围之下，经过轮番进攻，最终攻破叛军据点，杨应龙与二妾自杀，叛乱宣告结束。
从出兵到平定叛乱，历时仅一百一十四天，彰显了李化龙卓越的军事才能。在这期间，李化龙曾收到父亲去世的消息，本欲归乡服丧，但因军务紧急被留任。待叛乱平息，李化龙再次提出回乡守孝，得到了朝廷的批准，其功勋被载入史册，为后世所颂扬。
四、忧国忧民
万历三十一年（1603年），李化龙被委任为工部右侍郎，总理河道，承担起治理黄河、确保漕运安全的重大责任。甫一上任，黄河即在单县苏家庄与曹县发生大决堤，危机四伏。面对这一棘手问题，李化龙展现出了卓越的决策能力和创新思维，提出开凿泇河的方案，旨在绕过黄河最危险的吕梁段，确保运道畅通无阻。泇河的开凿，不仅避免了黄河的肆虐，还极大地提升了大运河的运输效率，为国家的经济稳定和发展做出了巨大贡献。
万历三十五年（1607年），李化龙再度被朝廷起用，这次他担任戎政尚书，负责京营的管理与改革。深感京营乃国之根本，李化龙上书列举了京营存在的十一滥、十二苦、十九件宜做之事，以及屯政十二事，力图整顿军纪，提高战斗力，增强国家的防御能力。然而，这些提案并未得到朝廷的积极响应，反映出当时官僚体系的腐败与低效。
随着边疆形势日益紧张，特别是在万历三十七年（1609年）正月，京师传言盗匪来袭，引发民众恐慌，九门紧闭，数万边民涌入京城避难。面对如此局面，李化龙再次挺身而出，提出加强边防、补充军力的紧迫需求。他指出，辽东的士兵多为老弱病残，且受到税监高淮的残酷剥削，士气低落，战斗力大减。李化龙请求停止苛捐杂税，增兵数万，以稳固边防。同时，他还提出了关于兵粮供应、和议与战斗策略的全面计划，力求全方位提升国防实力。遗憾的是，这些深思熟虑的建议并未得到皇帝的批准，凸显了当时朝政的保守与僵化。
尽管遭遇种种挫折，李化龙仍坚守岗位，直至一品官职任期届满，被加封为柱国、少傅兼太子太保，这是对他多年勤勉与贡献的肯定。即便在高位，李化龙始终心系国家与人民，其一生致力于国家的水利