代价。
冯铨的失势并未让他完全淡出政治舞台。崇祯二年（1629年）冬，后金军队侵扰京畿地区，引发“己巳之变”。在这次危机中，冯铨展现出了一定的担当，他自掏腰包，组织了对涿州的防御，并参与了从澳门葡萄牙人那里购得的红夷大炮的护送工作。这些大炮对于保卫京师至关重要，冯铨不仅协助护炮，还亲自率领一支由3500名士兵组成的队伍，以及约百名家丁，共同守护这批军火，防止其落入后金之手。当京师解围后，冯铨继续护送其中六门大炮进京，完成了任务。
冯铨的这一系列行动，被涿州的地方官看在眼里，他们认为冯铨在国难当头时的行为应得到嘉奖，因而请求朝廷恢复其官职。然而，这一提议遭到了阁臣吴甡和黄景昉的强烈反对，他们认为冯铨的过去难以原谅，不应轻易赦免。最终，冯铨的复职请求被驳回，他仍然处于被禁锢的状态。
即便如此，冯铨仍未放弃翻身的机会。崇祯十四年（1641年），他试图通过亲家周延儒和阁臣魏藻德的帮助，再次请求朝廷恢复其原有的官位。然而，由于反对声音过大，加之崇祯帝本人对阉党的深恶痛绝，冯铨的这一尝试最终未能成功，他仍旧背负着“逆辅”的污名，直到明朝灭亡，都未曾获得起用。
四、归顺清廷
顺治元年（1644年）五月，清军挥师南下，入主中原，清朝摄政王多尔衮以书信的方式召唤冯铨入朝效力。冯铨收到信后，毫不犹豫地赶往京城，迅速投入新朝怀抱。多尔衮对冯铨的到来给予了高度礼遇，赐予他朝服衣帽、鞍马、银币等物，命其以原官衔进入内三院，辅佐机要政务。半个月后，冯铨与其他文武群臣一道，在武英殿向多尔衮上表祝贺，表现出对新朝的忠诚与顺服。
顺治二年（1645年），冯铨在清廷的地位进一步稳固。六月初三，多尔衮下令抚恤并赡养明代遗腹子，冯铨等人立即叩头谢恩，显示出对摄政王政策的支持。在多尔衮询问其是否怀念旧主时，冯铨巧妙回答：“一心可以效忠两位君主，但是对一位君主不能二心。”这句话既表达了对清朝的忠心，也避免了被扣上背叛旧主的帽子。同年，冯铨被任命为内翰林弘文院大学士，正式成为清廷的高官。
然而，冯铨的仕途并非一帆风顺。