四十八年十月十七日与新任经略袁应泰交接，离开了辽东。
熊廷弼的离任并非终点，朝廷还派朱童蒙去辽东查勘其任期内的过失。朱童蒙的报告对熊廷弼的评价较为正面，认为他在辽东的功绩远大于过失，肯定了他保全辽东数万生灵的贡献。熹宗据此下旨，嘉奖熊廷弼“力保危城，功不可泯”，并决定适时起用。然而，熊廷弼的命运并未因此而改变，他的政治生涯依旧充满波折，最终因朝廷的党争而陷入不幸的结局。
五、再任经略
天启元年，辽东局势再度恶化，辽阳、沈阳相继沦陷，袁应泰等官员殉国，辽东形势一片混乱。阁臣刘一燝将此归咎于先前罢免熊廷弼的决定，呼吁朝廷重新起用这位经验丰富的将领。面对辽东的危急，熹宗克服了朝中反对声音，决定再次任命熊廷弼为兵部右侍郎，随后提升为兵部尚书兼都察院右副都御史，经略辽东等处军务。熹宗对熊廷弼寄予厚望，不仅给予他极大的权力，还赐予他尚方剑，允许他先斩后奏，显示了对他的极大信任和支持。
然而，熊廷弼的第二次经略辽东，并非一帆风顺。他与辽东巡抚王化贞之间的分歧，成为了辽东战略规划的最大障碍。王化贞主张主动出击，布防于辽河岸边，而熊廷弼则认为辽河防线脆弱，主张采取稳守广宁的战略，构建坚固的防御体系。两人在战略上的分歧，加上朝中兵部尚书张鹤鸣的偏袒，使得辽东的军事决策陷入了僵局。
熊廷弼的策略主张谨慎，强调巩固现有防线，避免不必要的冒险，而王化贞则更倾向于主动进攻，这种分歧最终导致了“经抚之争”的白热化。在广宁之战前夕，王化贞自信满满，扬言只需六万军即可荡平后金，而熊廷弼则对这种乐观态度持保留意见。当努尔哈赤率军渡过辽河，进攻广宁时，熊廷弼虽尽力部署，但因内奸作祟，广宁迅速失守，王化贞逃遁，辽西防线崩溃。
在广宁之战中，熊廷弼听从监军道邢慎言的建议，率兵应援广宁，但因形势不利，最终选择撤退至山海关，保护了大批军民的安全。努尔哈赤占领广宁后，并未乘胜追击，避免了辽西局势的进一步恶化。
熊廷弼的第二次辽东经略，虽然未能挽回辽东的颓势，但他的战略眼光和对局势的冷静判断，在一定程度上限制了后金的扩张，