通信，但仍保持了战略上的警惕，既不完全关闭议和之门，也不放松军事准备。然而，随着时间的推移，袁崇焕并未能迅速实现“五年复辽”的目标，这引起了朝中一些官员的质疑，尤其是毛羽健的质询，要求袁崇焕就其战略规划作出解释。面对质疑，袁崇焕再次强调自己不会空谈恢复，而是将实际行动作为回应。
六、杀毛文龙
袁崇焕上任督师后，面临的另一个重大挑战是如何处理与东江总兵毛文龙的关系。毛文龙自天启元年起，以朝鲜半岛的皮岛为根据地，建立了一条海上防线，对后金构成了不小的威胁，但也因其独立性强，难以驾驭，而成为朝廷的一大隐忧。袁崇焕与毛文龙的矛盾，早在宁远之战后就已显现，袁崇焕主张将毛文龙的部队移至宁远附近，以便于控制。
在被任命为督师后，袁崇焕开始着手解决毛文龙的问题。他首先请求加强登莱海禁，改变东江运道，意图通过控制海运，切断毛文龙的物资和经济来源，迫使其服从。毛文龙对此强烈不满，双方矛盾进一步升级。在袁崇焕与毛文龙的几次会面中，毛文龙的傲慢和不服从，尤其是对袁崇焕提出的受节制及军务改革的抗拒，坚定了袁崇焕处决毛文龙的决心。
崇祯二年六月初，袁崇焕与毛文龙在双岛会面，袁崇焕借机宴请毛文龙，试图说服其主动辞职，但毛文龙的回应显示了他对自身价值的高度自信，拒绝了这一提议。在随后的对话中，毛文龙的态度愈发傲慢，袁崇焕最终决定采取行动。六月初五日，袁崇焕在设宴时突然发难，指控毛文龙犯有十二大罪状，包括专权、欺君、侵吞军饷等，当众宣读罪状后，袁崇焕下令处死毛文龙，执行者为赵可教、何麟图，使用的是袁崇焕持有的尚方宝剑。
毛文龙被处决后，袁崇焕迅速稳定了东江军的局势，将东江军分为四协，由毛承禄、徐敷奏、刘兴祚、陈继盛分别接管，并由陈继盛暂时统管东江镇。袁崇焕还亲自前往毛文龙灵前祭奠，表达了对毛文龙的私人敬意，同时安抚了军心。随后，袁崇焕前往旅顺，视察防务，确保东江镇的平稳过渡。
袁崇焕处决毛文龙的行动，虽然未经朝廷正式授权，但事后向崇祯帝请罪时，得到了皇帝的认可。崇祯帝认为毛文龙死有余辜，对袁崇焕的果断行动表示赞赏，这反映