，济尔哈朗让祖大乐入城。在多次交涉后，祖大寿最终于三月初八日，率众官到济尔哈朗军营请降。皇太极在接到锦州降清的捷报后，指示除了蒙古人全部处斩外，其他人都予以保留，并要求祖大寿劝降杏山、塔山。
五月，皇太极在盛京崇政殿接见了洪承畴、祖大寿等明朝降将。面对祖大寿，皇太极表现出了宽容的态度，他说：“你上次背叛我一是为了你的主子，二是为了你的妻子儿女和宗族。我曾经对内院诸臣们说过，祖大寿一定不能死，如果以后再次投降，我也决不会杀他。事情过去就过去了，只要以后能够尽心尽力地侍奉我就可以了。”
九、晚年
祖大寿的晚年是在清朝的庇护与限制中度过的。投降清朝后，他虽被编入八旗，授汉军正黄旗总兵官，看似受到优待，但实则处于软禁状态，行动自由受限，这反映了清朝对这位两度降将的戒备心态。皇太极对祖大寿的宽待，主要在于利用他招降在宁远驻守的外甥吴三桂，以期达到不战而屈人之兵的目的。
清崇德七年（1642年，明崇祯十五年）十月，皇太极再次利用祖大寿，命他写信劝降吴三桂。祖大寿一方面按皇太极的指示写信，另一方面私下写了一封密信给吴三桂，信中透露了自己在清廷的困境，暗示吴三桂应坚守宁远，力保边疆。吴三桂在回信中表达了对祖大寿忠诚之心的赞赏，并将此事上奏崇祯帝，这显示了祖大寿与吴三桂之间深厚的亲情纽带和对明朝的忠诚。
清崇德八年（1643年，明崇祯十六年），祖大寿再次卷入政治漩涡。他向皇太极建议发兵取中后所，逮捕吴三桂的家属，以削弱吴三桂的抵抗意志，这表明祖大寿在清廷中的角色复杂，既是招降的工具，又是战略顾问。然而，同年十月，清军按照祖大寿的献计攻取中后所等三城，使得明朝在关外只剩下宁远一城，由吴三桂坚守。
清顺治元年（1644年，明崇祯十七年），清军入关，祖大寿随多尔衮军中，成为吴三桂与多尔衮沟通的桥梁。吴三桂最终引清兵入关，加速了明朝的灭亡。同年九月，南明使者左懋第、陈洪范一行来到北京，祖大寿的儿子祖泽溥也在使团中，祖大寿通过儿子传递信息，表示愿意在适当的机会为南明效力，但这并未改变历史的走向，其子祖泽溥也最终降清