心日军追击，他又下令将所有部队撤回王京，与总督邢玠一起向朝廷报告了虚假的胜利消息。
各部队上报的伤亡情况显示，明军损失近两万人。面对如此巨大的损失，杨镐却极为恼怒，试图隐瞒事实真相，仅向朝廷报告了极少数的伤亡数字。不久之后，杨镐的父亲去世，按惯例他应该回家守孝三年，但朝廷下诏命令他克制个人情感，继续处理国家大事。
御史汪先岸曾弹劾杨镐的其他不当行为，但内阁大臣庇护了他，甚至拟了一道表彰他的圣旨，但这道圣旨一直没有公开发布。赞画主事丁应泰在得知杨镐战败的消息后，前往询问未来的计划。杨镐向丁应泰展示了张位和沈一贯的亲笔信以及那道未发布的圣旨，并以此炫耀自己的“功绩”。丁应泰对此极为愤怒，随即上书详细报告了战败情况，并列举了杨镐应受责罚的二十八条罪状以及十个可耻的行为，同时弹劾张位和沈一贯与其共谋。
万历帝闻讯后非常愤怒，想要依法处置杨镐及其同谋者。首辅赵志皋进行了营救活动，最终万历帝罢免了杨镐，让他等待调查结果，并派遣天津巡抚万世德接替了他的职务。此后，随着东征朝鲜的事态逐步平息，给事中杨应文提及杨镐之前的功绩，万历帝下诏同意再次启用杨镐。
四、复为巡抚
万历三十八年（1610年），杨镐被重新起用为辽东巡抚。在他任职期间，曾率军袭击了 炒 花部落，这一举动遭到了御史田生金的弹劾，指责他无故挑起了边疆争端。此时辽东地区战事频繁，杨镐力荐李如梅担任大将，希望能够加强辽东的防御力量。然而，他的建议受到了给事中麻僖和御史杨鹤的反对，他们对李如梅的任命提出了弹劾。面对这样的局面，杨镐上书为自己辩解，并请求辞去职务。神宗皇帝并未对他的辞职请求做出明确回应，杨镐最终选择自行离任，回到了家乡。
万历四十六年（1618年）四月，后金领袖努尔哈赤宣布七大恨并以此为由向明朝宣战，迅速攻占了抚顺，守将王命印战死。辽东巡抚李维翰紧急动员总兵官张承荫前往增援，但张承荫与副总兵颇廷相等将领均在战斗中牺牲，辽东局势顿时陷入一片混乱。鉴于杨镐对辽东地区的军事情况较为熟悉，朝廷决定起用他为兵部右侍郎，并委派他为经略，负责指挥辽