官阶，并保留其副总兵的职位，以副总兵的身份镇守四川。
就在这个时候，杨应龙提出愿意停战求和，而青海地区盗匪的活动也日益猖獗。为了更好地应对这些新的挑战，朝廷决定特设临洮总兵官一职，并调任刘綎担任这一重要职务。这一举措不仅解决了当时的政治难题，也给了刘綎一个弥补错误的机会，让他有机会继续为国家服务。
七、复征朝鲜
1597年（万历二十五年）五月，第二次朝鲜战争爆发。为了应对日本的再度入侵，万历皇帝下诏任命刘綎为防御倭寇的总兵官，提督汉人和土着士兵前往朝鲜作战。刘綎直到次年二月才抵达朝鲜，此时杨镐和李如梅已经遭受了战败。
为了重新组织攻势，经略邢玠将部队分成三个部分，由董一元指挥中军，麻贵负责东路，而西路则由刘綎指挥。此外，陈璘专门负责指挥水军。刘綎在水源扎营，而日本军队也分兵三路，其中小西行长据守顺天，挖掘深沟并加固了防御工事。
刘綎计划诱捕小西行长，他派出使者与小西行长约定会面的时间。使者三次往返，每次刘綎都会独自骑马在约定地点等候，以此来迷惑小西行长。小西行长通过侦察得知这一情况，误以为刘綎真的打算会面，于是同意在八月初一进行会面。
然而，在约定的日期之前，刘綎部下的某人不慎泄露了这一计谋，小西行长得知后大吃一惊，迅速逃离了顺天。刘綎的诱敌计划因此未能成功。监军参政王士琦对刘綎的失误表示不满，想要将其捆绑至中军营接受责罚。刘綎意识到情况不妙，于是极力督战，最终成功攻破敌营，迫使敌人退却，不敢再出战。
随后，各将领分三路出击，刘綎在挑战中获胜，将敌人驱逐进了大城中。不久，敌人得知丰臣秀吉去世的消息，开始准备撤退。刘綎趁夜色攻取了粟林和曳桥，取得了重大的战果。石曼子率领水军前来救援，但在中途被陈璘指挥的水军在海上击败。小西行长随后放弃了顺天，乘坐小船逃离。
八、播州之役
1600年（万历二十八年），因朝鲜之战中的杰出表现，朝廷提升刘綎为都督同知，并世代荫封千户职。为了平定播州土着首领杨应龙的叛乱，朝廷调集军队进行征伐。恰逢四川总兵官万鏊被罢免，刘綎