身一人，身边只有常应俊等几名随从相伴。
二、入继大统
崇祯十七年（1644年）三月二十九日，淮安开始流传北京陷落的消息。到了四月初一日，南京兵部尚书史可法召集各大臣发布讨贼勤王檄文，准备北伐李自成。与此同时，凤阳总督马士英则押注福王朱由崧，派人引导朱由崧搭乘漕运巡抚路振飞之船快速南下，以便在恰当的时机加以利用。
四月十四日，两个从皇宫逃出的太监抵达南京，南京府部科道各官这才得知北京已陷，崇祯帝自缢的消息。随着崇祯帝的逝世，挑选新君成为当务之急。崇祯帝的三个儿子都被李自成俘虏，其他近支藩王如惠、瑞、桂等王都远在外地，因此皇位只能在避难淮安的福王朱由崧和潞王朱常淓中挑选。
按血缘亲疏关系来说，福王朱由崧作为神宗之孙，支派最近，是最占优势的候选人。而潞王朱常淓则是穆宗之孙、神宗之侄，关系较为疏远。然而，多数大臣却认为福王朱由崧品行恶劣，曾有盗窃王印的行为。考虑到几十年前的国本之争记忆犹新，许多大臣不愿他继位。钱谦益、雷演祚等官员游说兵部侍郎吕大器支持潞王，认为潞王更为贤明，而福王“有不孝、虐下、干预有司、不读书、贪、淫、酗酒七不可立”。这一观点也获得了史可法的支持。
另一方面，南京也有部分官员坚持以立亲为原则，都谏章正宸力主立福王，并认为如果可以越过福王立潞王，则如同可以越过光宗一样，这是不合国本的。路振飞在答复高杰、刘泽清等武将关于继嗣的问题时也强调：“议贤则乱，议亲则一，现在唯有福王。”
马士英则不动声色地展开了一系列幕后活动，贿赂勋臣刘孔炤和武将刘泽清等，以获得内外两方面的支持。他还致书史可法、吕大器等大臣，声称“以序以贤，无如福王”。史可法表示反对，马士英暂时没有反驳，而是派遣私人向史可法传话，表示立君以贤，伦序不应固守。史可法信以为真，随即回应马士英，提出了福王“七不可立”的论点。
与此同时，马士英部署江北四镇黄得功、高杰、刘泽清、刘良佐等将领各率大军，簇拥着乘坐路振飞之船的朱由崧到达仪真（今江苏仪征）。这些军队在江北集结，向南京诸臣示威。勋臣刘孔炤等人则与主张拥立潞王