极命令诸贝勒直言时政。莽古尔泰在会议上表示：“审案应当依据供词来判定是非，我们不敢妄自断定，只担心时间久了会懈怠，因此我和各位贝勒大臣都会加倍努力。”
同年七月，莽古尔泰随从大军围攻大凌河城。正蓝旗负责围困该城的南部，莽古尔泰与他的同母弟弟德格类一同率领巴牙喇部队作为策应。九月下旬，明朝的总兵吴襄和监军道张春率领援军开赴救援，他们在距离大凌河城十五里处驻扎。莽古尔泰随从皇太极攻击明军，并俘虏了张春等人，这场战役被称为大凌河之战。
在围攻大凌河期间的九月十三日，莽古尔泰向皇太极报告说自己的部队遭受了明军的重创，并请求将被纳入其他部队的军队调回以补充损失。皇太极听到报告后，质问莽古尔泰：“我听说你的部队不服从号令，贻误了战机。”莽古尔泰对此非常生气，反驳说：“并没有这样的事情发生。”皇太极脸色一沉，说道：“如果有人诬告你，那应当惩治诬告者；但如果情况属实，你所率领的部队怎能没有过错？”说完这话，皇太极准备起身离开。这时，莽古尔泰情绪激动地说：“作为大汗，你应该主持公道。我一直尊你为汗，事事顺从，你为何偏偏针对我？你是想除掉我吗？”说着，莽古尔泰手握自己的佩刀，愤怒地看着皇太极。德格类见状怒斥莽古尔泰的悖逆行为，并动手打了他。莽古尔泰更加愤怒，对德格类出言不逊，并拔刀出鞘，德格类将他推出。大贝勒代善看到这一幕，也指责莽古尔泰：“与其如此悖乱，不如死了算了。”
皇太极目睹了这一切，没有说话，也没有骑马离开，而是继续坐在原地处理事务。回到营地后，皇太极怒斥了莽古尔泰当年亲手杀害继妃富察氏以邀宠的行为，并讽刺说：“你就像一个饥饿瘦弱的将死之人，我认为作为大汗，即使再英勇也不能以此自夸，为了安邦治民，应当骑着劣马，谨慎行事。他却把我当作庸懦之辈。”说完，皇太极也拔刀起身，并责怪侍卫没有阻止莽古尔泰在他面前拔刀的行为。
当晚，莽古尔泰带着四名随从来到皇太极的营帐外请罪，声称自己是因为空腹喝了四杯酒才做出如此冲动的行为，但皇太极并未原谅他。战事结束后，皇太极让代善等诸贝勒商议莽古尔泰的罪行。十月二十三日，诸贝勒报告审议结果，剥夺了莽