55年），李定国率军进犯广东。李率泰迅速组织防御，并在与李定国的部将高文贵的交战中取得了胜利。恰逢靖南将军珠玛喇率领的大军抵达，两军合力击败了李定国，收复了高、雷二郡。这场胜利进一步巩固了清朝在南方的统治地位。
三、总督闽浙
顺治十三年（1656年），李率泰因战功卓着被加封为太子太保，并调任闽浙总督。李率泰是一位既有勇力又有智谋的将领，他能够与士卒同甘共苦，深受士兵爱戴。面对郑成功占据台湾海峡，并频繁侵扰内地的情况，李率泰上书请求增加水师兵力三千人，并建造一百多艘哨船，旨在削弱郑成功的势力范围。同时，他还建议不要将郑成功的父亲郑芝龙流放到靠近海上的宁古塔，以防他伺机逃脱，造成更大的麻烦。顺治帝听取了他的所有建议，并因击败李定国有功，将李率泰的世职提升为一等，且因其政绩考核合格而加封为少保。
顺治十五年（1658年），李率泰成功招抚了郑成功手下的将领唐邦杰、林翀、叶禄等人，导致郑成功损失了数万名士兵。同年，郑成功进攻浙江温州，占领了平阳和瑞安。李率泰迅速调动江宁满洲兵予以抵抗，迫使郑成功撤退。同年，朝廷将闽浙总督的职位分为两个独立的职务：任命赵国祚为浙江总督，驻守温州；而李率泰则被任命为福建总督，驻守福州。不久之后，郑成功占领南安岭，意图窥视福州。此前投降清朝的郑成功部将陈斌再次叛变，占据罗星塔。李率泰立即派出军队，焚烧了陈斌的大型战舰一千多艘，迫使郑成功逃走。陈斌再次投降，但李率泰上奏请求处决陈斌。
顺治十六年（1659年），李率泰因某些未明原因被剥夺了一等世职，但仍然保留了福建总督的职位。
康熙元年（1662年），李率泰认为漳州是福建的重要门户，因此奏请朝廷增加两千人的水师兵力。不久之后，他与靖南王耿继茂合作，击退了定海小埕的海盗。随后，李率泰与提督马得功一起平定了万安所的叛乱，并击败了郑成功部将杨宣。这一年，郑成功去世，其子郑锦继位。李率泰再次展开招降工作，成功说服了郑锦的将领林俊奇、陈辉、何义、魏明等三百多人以及两千多名士兵投降清朝。随后，李率泰率领建宁、延平、邵武三路的士兵征剿内地山寇，并捕获