在这个关键时刻扮演了一个极其重要的角色。九月二十六日，多尔衮急召索尼前往三官庙商议册立新君事宜。索尼坚定地表示：“先帝有皇子在，一定要在皇子中选立新君。其他的都没有继承先帝之位的合理性。”索尼的态度表明了他对皇太极后代的支持，这也代表了两黄旗大臣们的普遍立场。
当晚，巴牙喇纛章京图赖拜访索尼，强调必须立皇子为帝。第二天清晨，两黄旗大臣们在大清门盟誓，命令两黄旗的巴牙喇兵张弓搭箭，围绕着宫殿站立，以示决心。索尼带领他们前往崇政殿商议新君人选。在崇政殿内，诸王大臣分坐在东西庑殿，索尼与巴图鲁鄂拜率先提出立皇子为帝的主张，但多尔衮并未立即表态，而是令他们暂时退下。
接下来，英亲王阿济格和豫亲王多铎相继劝说多尔衮自己登基，但多尔衮犹豫不决。多铎甚至提出，如果多尔衮不愿继位，那么他本人愿意继位，并指出太祖遗诏中有他的名字。多尔衮回应说，肃亲王豪格的名字也在遗诏中，不仅仅是多铎一人有资格。随后，多铎又提议立礼亲王代善为帝，但代善表示，如果多尔衮愿意即位，将是国家之福；如果多尔衮不同意，那么应该立皇子为帝。他还认为自己年事已高，不适合担当此重任。
经过一番激烈的争论和谈判，最终众王达成共识，决定拥立太宗第九子、年仅六岁的福临为帝，即后来的顺治帝，并由睿亲王多尔衮担任摄政王。索尼与谭泰、图赖、巩阿岱、锡翰、鄂拜在三官庙盟誓，发誓忠心辅佐幼主，六人结为一体。
不久之后，都统何洛会等人诬告肃亲王豪格，导致豪格被削去爵位。多尔衮下诏褒奖索尼不依附豪格一党，并赏赐他一副鞍马。
三、连坐削爵
顺治元年（1644年），索尼跟随睿亲王多尔衮率清军入关，进入北京。顺治二年（1645年），索尼晋封为二等昂邦章京，但被睿亲王解除了启心郎的职位，仍负责管理六部事务。此时，睿亲王多尔衮掌握了朝政大权，许多官员为了个人利益纷纷投靠多尔衮，唯有索尼坚持原则，拒绝依附。
在北京重建过程中，睿亲王多尔衮修建自己的府邸，工部官员偏袒多尔衮，工匠们也大多被调去修建睿亲王府。佟机对多尔衮的行为表示不满，这引起了多尔衮的愤怒，打