军随即撤回，并留下部分兵力驻守爱珲，同时在爱珲、墨尔根等地屯田，以加强黑龙江一带的防务。
然而，沙俄并未放弃，他们在同年秋季卷土重来，重新占领了雅克萨城。面对沙俄的再度入侵，康熙帝命令清军予以反击。康熙二十五年（1686年）七月二十四日，清军2000多人抵达雅克萨城下，将城市包围，并勒令沙俄侵略军投降。沙俄指挥官阿列克谢·托尔布津拒绝投降。八月，清军开始攻城，托尔布津在战斗中被击毙，俄军由杯敦接替指挥，继续顽抗。清军考虑到沙俄军队可能会等待援军到来，遂采取长期围困的策略。在雅克萨城的南、北、东三面挖掘壕沟进行围困，并在城西河上派战舰巡逻，彻底切断了沙俄军队的外援。在长时间的围困之下，沙俄军队伤亡惨重，最初826名俄军士兵最终只剩下66人。
面对清军的严密围困和沉重打击，俄国摄政王索菲亚请求清廷解除对雅克萨的围困，并提议派遣使节谈判边界问题。康熙帝同意了这一请求，允许沙俄军队残部撤往尼布楚。
雅克萨之战结束后，双方于康熙二十八年（1689年）七月二十四日在尼布楚签署了《尼布楚条约》。根据该条约，额尔古纳河-格尔必齐河-外兴安岭一线被划定为中俄两国东段边界，明确了黑龙江以北、外兴安岭以南和乌苏里江以东地区为中国领土。这一条约的签订不仅解决了中俄之间的领土争端，也为两国间的和平交往奠定了基础。
六、北征塞外
清初，蒙古部落大致分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。其中，漠北喀尔喀蒙古分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部，而漠西厄鲁特蒙古则分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。在清朝入关之前，漠南蒙古就已经归附清朝，而喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部与清朝保持着密切的关系。
康熙年间，准噶尔部在领袖噶尔丹的领导下，势力迅速壮大。康熙二十六年（1687年），沙俄参加了中俄边界谈判，其代表戈洛文在伊尔库茨克接见了噶尔丹的代表，并策动噶尔丹进攻喀尔喀蒙古。噶尔丹本就与喀尔喀三部中的土谢图汗部存在矛盾，因此决定进攻喀尔喀蒙古。
康熙二十七年（1688年），噶尔丹亲自率领三万骑兵从