伊犁东进，越过杭爱山，迅速占领了整个喀尔喀地区。土谢图汗察珲多尔济与哲布尊丹巴一世决定投靠清朝，于是喀尔喀三部的数十万人分路南逃，逃往漠南乌珠穆沁一带，向清廷告急，请求保护。面对噶尔丹的进攻，康熙帝一方面将喀尔喀难民安置在科尔沁放牧，另一方面命令噶尔丹罢兵西归。然而，噶尔丹并未理会，反而率兵南下，深入乌珠穆沁境内。
面对噶尔丹的猖獗南侵，康熙帝采取了坚决的应对措施。他下令就地征集兵马，严加防堵，并调兵遣将，准备北上迎击。在随后的战斗中，清军先后在乌兰布通和昭莫多两次大败准噶尔军。康熙三十六年（1698年），康熙帝鉴于噶尔丹拒不投降，再次下诏亲征。在内外交困的情况下，噶尔丹最终在众叛亲离的状态下死去，这场讨伐噶尔丹的战争随之结束，漠北喀尔喀地区也被纳入清朝的版图。
噶尔丹死后，策妄阿拉布坦成为准噶尔部的新领袖。在他的统治下，准噶尔部的势力得到进一步巩固，并开始向东扩张。策妄阿拉布坦在沙俄的支持下，不断袭击清军据守的科布多、巴里坤、哈密等军事重镇，并派遣军队侵入西藏。康熙帝及时派遣军队进入西藏，协同藏军围剿准噶尔势力，最终将他们赶出西藏。
七、朝中倾轧
康熙帝在位期间，围绕皇位继承问题爆发了一场激烈的宫廷斗争。早在康熙十四年（1675年），康熙帝立年仅两岁的二阿哥胤礽为皇太子。胤礽的母亲是皇后赫舍里氏，她的叔父索额图以皇亲的身份担任要职，专权贪贿。康熙四十二年（1703年），康熙帝处决了索额图，父子关系因此变得紧张。
康熙四十七年（1708年），在木兰围场的布尔哈苏行宫，皇十八子病重，康熙帝以胤礽“不法祖德，不遵朕训，惟肆恶虐众，暴戾淫乱”的理由，宣布废黜胤礽的太子之位。太子被废后，众多阿哥开始觊觎皇位。
皇长子胤禔是庶长子，自知无望继承大统，向康熙帝提议立八阿哥胤禩为皇太子，理由是术士张明德曾预言胤禩将会成为天子。胤禔还提出要替父皇杀掉胤礽，这让康熙帝极为不满。与此同时，三阿哥胤祉揭发了大阿哥胤禔使用巫术伤害胤礽的事情，康熙帝将胤禔囚禁，并对胤禩严加提防。
康熙四十八年（17