艘荷兰军舰，并夺取数艘船只，自此荷军丧失主动出击的能力。12月20日，荷兰大员长官揆一签署投降条约，率领残敌五百人退出台湾。
十、愤而去世
1661年（清顺治十八年，永历十五年），顺治帝去世，皇三子康熙帝继位。同年，郑成功收复台湾，但不久之后，他面临着一系列严峻的挑战。郑氏降将黄梧向清朝当权者鳌拜提出了“平贼五策”，其中包括实施长达20年的迁界令，从山东至广东沿海地区强制迁徙居民，以断绝郑成功的经贸财源；销毁沿海船只，禁止任何船只下水；同时，郑成功的父亲郑芝龙被处决（有说法是在宁古塔流放处被斩，也有说法是在北京菜市口被斩）；挖掘郑氏家族的祖坟；并移驻投降的官兵，让他们分垦荒地。
这一系列举措对郑成功造成了沉重打击。他连续听闻噩耗，先是父亲被处决，接着是清朝的严厉措施，这些都对郑成功的精神状态造成了严重影响。此外，他还得知自己的儿子郑经与四弟的乳母私通，这让他感到极度愤怒和失望。在内外交困的情况下，1662年（清康熙元年，永历十六年）五月初八（6月23日），郑成功突然病逝，年仅39岁。据记载，他临终前曾大喊：“我无面目见先帝于地下”，并抓破自己的脸面。
关于郑成功去世的具体原因，历史记录有所不同。一些记载指出，郑成功的病情最初并不严重，他还能看书、观台、饮酒，但有人认为他可能是被下毒害死。李光地的《榕村语录续集》提到，一名医生诊断郑成功为中暑，并给他开了凉剂，但郑成功服药后当晚去世。夏琳的《闽海纪要》中记载，郑成功在去世前拒绝服用都督洪秉诚调制的药物，随后“顿足抚膺，大呼而殂”。林时对的《荷锸丛谈》则描述郑成功“骤发颠狂”，“咬尽手指死”。
据《台湾县志》记载，在郑成功生病期间，天气异常恶劣，伴随着天昏地暗、黄风大作、风雨交加、雷鸣电闪等自然现象，似乎预示着不祥。五月初八，郑成功去世。
郑成功去世后，其子郑经自金门发动军事政变，自称延平王，打败了控制台湾的郑成功之弟郑世袭，接掌了台湾。郑经改东都明京为东宁，并依照陈永华的建议，移植明朝中央官制，继续奉已死的永历帝正朔，成为南明抗清的最后根据