郑成功奉永历帝的命令南下勤王，留下叔父郑芝莞守卫厦门。十二月，郑成功抵达广东揭阳，并与郑鸿逵会师。两人商议后决定，郑成功继续率军南下支援永历帝，而郑鸿逵则前往厦门协助防守。
1651年（清顺治八年，永历五年）正月，郑成功抵达南澳。二月二十五日，郑军舰队在盐州港附近遭遇风暴，郑成功的主船险些解体，几乎所有的船上器具都丢失了，甚至无法准备食物。幸运的是，第二天下午风雨停歇，郑成功与舰队会合。这次遭遇是郑成功海上生涯中最大的一次危险，事后他对主副中军船的两位驾驶进行了重赏。
同年三月，郑军抵达广东大星所（今广东惠东）。此时，清福建巡抚张学圣得知郑成功主力远赴广东，厦门防务空虚，便命令马得功、王邦俊等趁机攻击厦门。马得功挟持了郑芝豹，利用他的身份获得了船只，顺利渡海攻击厦门。面对清军的突然袭击，负责厦门防务的郑芝莞没有做好充分准备，只顾着将个人财物转移至私人船上逃亡。这使得清军轻易地攻破了厦门，并将郑家的财富和装备洗劫一空。郑成功的妻子董夫人与长子郑经只来得及带着祖宗牌位逃离，避免了被俘。
清军得手后并未打算长期驻守厦门，而是迅速撤离，满载战利品返回内陆。此时，郑鸿逵率军赶来支援厦门，正好在海面遭遇返航的马得功部队。但由于马得功威胁要伤害郑鸿逵的母亲和兄长（郑芝龙），郑鸿逵被迫放走了马得功。
不久，郑成功在广东得知厦门被袭的消息。原本他想继续南下勤王，但因士兵思归心切，最终决定返回厦门。收复厦门后，郑成功追究责任，将胆怯逃亡的叔父郑芝莞斩首示众，而郑鸿逵则主动交出兵权，退隐东石镇白沙，不再过问政事。
同年五月，郑鸿逵麾下的大将施琅因叛变事泄而擅自处决了郑成功部将曾德。郑成功以此为由想要诛杀施琅全家。施琅在友人的帮助下逃脱，但他的父亲和弟弟都被处决。自此，施琅与郑成功结下了不解之仇，决定重新降清。
六、相持局面
1651年（清顺治八年，永历五年）下半年，郑成功在闽南地区发动了一系列军事行动，逐渐巩固了自己在这一区域的地位。在小盈岭、海澄等地，郑军取得了磁灶战役、钱山战役和小盈岭战役的