许他委任官职，武官可达一品，文职可达六部主事。郑成功每次拜封官员时，都会请宁靖王朱术桂等明朝宗室在旁观礼，以示尊重体制。郑成功还将厦门（当时称中左所）改名为“思明州”，并建造演武亭，以便亲自督察官兵操练。同年九月，清朝定远大将军、郑亲王世子济度率领三万大军入闽，准备进攻厦门。郑成功一方面巩固金门、厦门的防御，另一方面派遣部将率领舟师分别北上浙江、南下广东，使清军腹背受敌。
1656年（清顺治十三年，永历十年）四月，济度调集各路水师进攻厦门，在围头海域遭到郑军痛击，清军大败而归。郑军取得了泉州战役的胜利。同年十二月，郑成功部队又在闽东北取得了护国岭战役的胜利。这些胜利进一步巩固了郑成功在东南沿海地区的地位，并为他日后收复台湾打下了坚实的基础。
八、北伐南京
1658年（清顺治十五年，永历十二年），郑成功计划进行一次大规模的北伐行动。他统率水陆军共计十七万人与浙东的张煌言会师，准备大举北伐。在进军长江之前，郑军舰队在羊山海域遭遇了强烈的飓风，损失惨重，不得不暂时撤回厦门进行休整和补给。
1659年（清顺治十六年，永历十三年），郑成功再次率领大军北伐。这一次，郑军与张煌言的部队顺利进入长江，一路势如破竹，接连攻克了镇江和瓜洲，取得了定海关战役、瓜洲战役和镇江战役的胜利。郑军包围了南京，开始了江宁白土山之役。与此同时，张煌言部也收复了芜湖一带的十多个府县，一时之间江南震动。
然而，在南京之战中，郑成功不慎中了清军的缓兵之计，意外遭到清军的突袭，导致郑军大败，损失惨重。在这次战役中，包括甘辉、万礼、林胜、陈魁、张英等多位郑军的重要将领阵亡。郑成功兵败后，试图攻取崇明县，以作为再次进攻长江的阵地，但久攻不下，最终不得不全军退回厦门。南京之战是郑成功生涯中最辉煌的一役，但却以大败告终，这对他的反清大业造成了严重的打击。
1660年（清顺治十七年，永历十四年），郑成功在福建海门港（今龙海东）与清军进行了一次关键性的战役。在这场战役中，郑军歼灭了清将达素率领的四万余人的水师，取得了厦门战役的胜利，使得郑成