政权地处抗清前线，客观上为隆武朝廷提供了一定程度的安全保障。因此，隆武朝廷的实际掌控者郑芝龙对这种局面感到满意，甚至有了按兵不动的借口。朱以海的这种做法虽然表面上是对隆武朝廷的挑战，但实际上也为南明政权的整体利益带来了一定的好处。
然而，朱以海的这种行为也导致了官职的混乱。为了争取支持，他不惜以高官厚爵来收买人心，这导致了官僚体系的紊乱，也加剧了南明政权内部的腐败现象。
四、声势大振
顺治三年（1646年）五月，清朝派遣大军征讨浙东，恰逢这一年夏季浙江久旱无雨，钱塘江水 涸 流 细 。清军发现江水浅到仅能淹没马腹，于是分兵两路进击绍兴。方国安负责的钱塘江防线瞬间土崩瓦解，大批明朝官吏投降清军。五月二十九日夜，朱以海在张名振等人的护卫下紧急离开绍兴，经台州乘船逃往海上。在出走之前，朱以海派遣靖夷将军毛有伦保护家人退往台州，但毛有伦却自作主张，改道蛟关以便进入海域，不料途中遭遇叛将张国柱，朱以海的家眷被押往杭州。
清廷以此为要挟，派使者前往通告朱以海，要求他剃发归降。然而，朱以海坚决拒绝，并愤怒地抨击清军“平夷我陵寝，焚毁我宗庙”。他的强硬态度赢得了部分明朝遗臣的尊重和支持。
朱聿键被清军杀害后，一些不愿投降清廷的文武官员转而支持朱以海，这使得他的地位得到了显着提升。这时，张名振不失时机地提出了“隆中对”式的策略。他向朱以海阐述了先三分天下，建立根据地，再逐步收复失地的战略方针。具体步骤包括：首先攻取清军兵力薄弱的福建，建立起可靠的根据地；其次，利用“监国”的名义和声望，招揽人才，逐步增强政治、经济和军事实力；同时，妥善处理好与海外邦国的关系，争取朝鲜和日本的支持；在西南桂王称帝的情况下，不再采取针锋相对的方针，让桂王政权尽量拖住清军。这样一来，就能形成三分天下的局面，待江南空虚之时，用精兵袭取南京，明朝复兴便有望实现。
朱以海对这一策略极为赞赏，决定按照张名振的建议行事。同年六月，朱以海在张名振等人的保护下抵达舟山。割据舟山群岛的黄斌卿借口自己是隆武朝廷所封，拒绝接纳朱以海入城，鲁王君臣在