顺治九年（1652年），当大西军领袖孙可望派人与大顺军余部联络时，郝摇旗并未像其他将领那样与孙可望修好，而是继续坚持奉韩王为主。他在西山十三家中实力最强，对外与清军作战也最为频繁。
郝摇旗在这一时期主要活跃于郧阳府的保康、竹山、竹溪以及襄阳府的均县、南漳、光化、谷城等地。顺治九年（1652年）八月，郝摇旗率军渡江，突袭夷陵州，清军败退，郝摇旗部得以攻入夷陵。同年十一月，郝摇旗与刘体纯、袁宗第、拓天宝、党守素等合兵两万余人，攻破了竹山、竹溪，清军惊呼当地“二竹地方响应投贼，尽皆不为我有”。
顺治十年（1653年），郝摇旗部攻克了谷城屏风寨，并在铜山、茅坪屯兵。次年，郝摇旗再度攻克屏风寨，并与刘体纯部配合，在光化、均州、谷城一带活动数月，筹措军粮，打击清军。顺治十四年（1657年），郝摇旗率精锐骑兵袭击襄阳，一度控制该城，但很快在清军援军到来后撤离，退入南漳山中。
在与清军作战的同时，郝摇旗还积极与各地的抗清力量联系，扩大影响力。顺治十年七月，郝摇旗派遣总兵周中启、副将李良等人前往德安、随州一带组织队伍。顺治十一年正月，郝摇旗通过宋谦与陕西抗清军首领虞胤联络，并授权宋谦在河南、山西等地发展抗清力量。之后，郝摇旗与虞胤多次商议举事，并试图联络山西五台山的高鼎、太行山的牛光天等共同抗清。
郝摇旗还试图在占领区建立地方政权，设置“伪官”，刻印符信。尽管条件越来越艰苦，郝摇旗和他的部队仍然坚持“练兵屯垦”，在险要之地坚守阵地，抵御清军的招降。
四、兵败身亡
康熙元年（1662年），随着清军在西南地区的胜利，南明永历帝被处死，抗清将领李定国也在边境病逝，清军随即集结了陕西、湖广、四川三省的兵力，准备会剿在西山的大顺军余部。十一月二十日，清军到达前线，分三路进攻大顺军。
康熙二年（1663年）二月初八日，陕西提督王一正、兴汉总兵于奋起、河北总兵鲍敬率领清军抵达房县，与郝摇旗部大顺军在横水展开激战，郝摇旗部战败。三月中，郝摇旗派遣部将白良辅潜出羊子山，意图焚烧清军屯粮，但清军已有准备，白良辅