陈永华失去了支持。陈永华在台湾有着较高的威望，负责管理台湾的兵马和守卫事宜。然而，侍卫冯锡范对陈永华怀有嫉妒之心，企图夺取他的兵权。冯锡范与刘国轩的关系微妙，冯锡范利用这一关系，逐步排挤陈永华。同年五月，陈永华被解除职务，他所统领的兵马全部转交给刘国轩管辖。几个月后，陈永华在抑郁中去世。
撤回台湾后，郑军并未立即遭到清军的大规模攻击。清廷认为水师尚未准备充分，加上台海的恶劣天气条件，暂时搁置了进攻台湾的计划。在此期间，刘国轩加强了水师的训练，并严密布防，同时也不时表现出对福建的野心。
1681年正月二十八日，郑经去世，引发了关于继承权的争端。郑经的长子郑克臧被视为合法继承人，他已经成年，并且担任监国多年，各方面评价都很高。然而，冯锡范希望让自己的女婿、年仅十二岁的郑克塽继位。冯锡范与刘国轩商议此事，起初刘国轩犹豫不决，但最终还是支持了冯锡范的主张。不久之后，冯锡范与郑经的其他儿子以郑克臧非嫡出之子的理由将其杀害，确立了郑克塽为延平王。
五、澎湖兵败
1682年，随着清朝福建水师提督施琅提出专 征 权 ，准备武力攻台，台湾局势再度紧张起来。福建总督姚启圣则倾向于通过招抚的方式来解决台湾问题。面对即将到来的战争，刘国轩尝试通过外交手段解决问题，他向清政府提议，台湾可以仿照琉球、朝鲜那样成为大清的属国，只需称臣进贡而不需剃发、不登岸。然而，这一提议并未得到清廷的认可。
1683年五月，施琅率领清军水师正式进兵台湾。刘国轩深知双方实力悬殊，但他仍然尽力布防，寄希望于六月份台湾海峡常见的飓风天气能够为郑军带来优势。然而，施琅熟悉水师作战，对台风季节有着充分的准备。
六月十四日，施琅率领清军出兵澎湖，刘国轩指挥郑军迎战。十六日，两军在海上交战。然而，直到二十二日，海面风平浪静，郑军在海战中处于劣势，最终大败。刘国轩无奈之下只好率残部退回台湾。
施琅占领澎湖后，为了尽快结束战事，从投降的郑军将领中挑选出刘国轩的亲信，派遣他们前往台湾劝说刘国轩投降，并承诺给予高官厚禄。经过此次惨败，刘国