。随后，岳钟琪正式被任命为川陕总督，手握川陕甘三省的兵权，并被封为三等公爵，成为了当时清朝一位重要的军事和行政官员。
然而，随着权力的增大，岳钟琪也开始遭遇一系列的政治风波。雍正五年（1727年），居住在四川的一名湖广人卢宗汉散布谣言，声称岳钟琪将会利用川陕的军队发动叛乱。面对这一指控，岳钟琪迅速向朝廷汇报了此事。雍正帝对此非常重视，命令巡抚黄炳和提督黄廷桂严格审讯此案，同时对岳钟琪进行了安抚。经过调查，最终发现这些谣言是由卢宗汉制造的，他因此被判死刑。
紧接着，在雍正六年（1728年），湖南靖州的一名秀才曾静派遣他的学生张熙给岳钟琪送去了一封信。信中不仅对雍正帝进行了严厉的批评，还引用岳飞抗金的历史事迹，试图激励岳钟琪掉转枪头，反对满人，为宋、明两朝复仇。面对这样的诱惑，岳钟琪并没有动摇，反而假装同意，从张熙口中套出了更多的情报，并将曾静和张熙二人抓捕，从而揭开了吕留良案的序幕。
吕留良案是一起涉及文字狱的重大案件，它反映了当时社会上存在的不满情绪以及对朝廷的批评。岳钟琪在这一事件中的表现得到了雍正帝的高度赞扬，称赞其忠心耿耿，并继续委以重任。然而，就在同年，道士李不器再次散布关于岳钟琪密谋反叛的谣言。
这些针对岳钟琪的谣言非常荒谬，甚至有人声称岳钟琪作为岳飞的后代，有意为宋、金之间的历史恩怨报仇。雍正帝对此表示震惊，并指出这些指控的荒谬性。岳钟琪为了澄清自己的名誉，极力为自己辩护，并最终使得这些诬告得以澄清。尽管如此，这些事件还是对岳钟琪的仕途产生了一定的影响
雍正七年（1729年）二月，科尔沁和喀尔喀草原的紧急军情促使雍正帝迅速作出反应，他任命黑龙江将军、内大臣傅尔丹为靖边大将军，统领满、蒙旗兵组成北路大军；同时，岳钟琪被授为宁远大将军，统领川陕甘汉兵组成西路大军。同年六月，朝廷派遣吏部侍郎查郎阿和刑部侍郎常赍携带宁远大将军的印信以及雍正帝特授的兵、吏两部黄带到陕西，在西安东郊举行隆重的拜授仪式，正式任命岳钟琪为宁远大将军。
雍正八年（1730年）八月，岳钟琪下令西路大军各部从陕西