理不仅关系到当地农业灌溉，还直接影响到防洪减灾以及水资源的合理利用。因此，孙嘉淦上任伊始，便将治理永定河作为首要任务。
在深入了解永定河的现状后，孙嘉淦提出了一系列治理措施。他认为，应该在金门闸上下多建草坝，通过这种方法逐步恢复河道的自然形态，从而增强其排水功能。草坝是一种临时性的结构，通常由草捆或其他植物材料制成，用来减缓水流速度，帮助沉积物沉积，从而防止河道的进一步侵蚀。这一方法不仅成本低廉，而且效果显着，能够在较短时间内改善河道状况。
同年，孙嘉淦与另一位官员顾琮一起亲自前往天津进行实地考察。他们仔细勘察了当地的河道以及河流汇合入海的情况。这次考察为后续制定更为详尽的治理方案提供了重要的依据。在全面掌握了第一手资料后，孙嘉淦向朝廷提交了一份奏折，建议在静海县的独流镇开挖一条引水河。他认为，这样做可以有效防止河道淤积，并且是治理下游水患的关键措施。
乾隆五年（1740年）九月，孙嘉淦进一步上疏，详细阐述了综合治理直隶境内几条主要河流的具体办法。他提出的计划包括对永定河、子牙河、南运河、北运河以及东白洋两淀进行全面治理。这一系列措施旨在通过科学合理的规划和施工，改善整个地区的水利条件，从而达到防洪、灌溉和航运的多重目的。乾隆帝在收到奏折后，不仅批准了孙嘉淦的提案，还特别嘉奖了他的努力。
恰逢此时，江南河道总督高斌进京述职，乾隆帝命令高斌在路过直隶地区时，与孙嘉淦共同协作，处理直隶河务工作。高斌的到来为孙嘉淦的工作增添了新的助力，两位经验丰富的官员共同合作，使得永定河的治理工作得以顺利推进。经过一段时间的努力，永定河的河道得到了有效的清理和疏通，不仅增强了河道的排水能力，还加强了保定城郊的堤防建设，大大提高了该地区的抗灾能力，减轻了洪水给当地居民带来的苦难。
六、晚年
乾隆六年（1741年）八月，孙嘉淦从直隶总督的职位上调任为湖广总督。这一调动意味着他将面临新的挑战和责任，湖广地区同样是一个地理位置重要、人口稠密的地方，需要一位既有经验又有魄力的官员来治理。
然而，好景不长