荣深知云南的重要性，上任伊始便着手制定了一系列治理措施。他首先上书朝廷，请求增加驻军兵力，指出云贵两省均为险要边疆之地，尤其是在新复之初，原有的四千督标兵不足以维护地方稳定，因此请求增兵一千，分为五营。他还提出对吴三桂在叛乱期间增设的十个镇进行改革，建议改为六个镇，分别在迤西和迤东地区设置，并明确每个镇的管辖范围。此外，他还注意到中甸地区在金沙江之外，原属丽江土府管辖，但被吴三桂割让给了蒙番。蔡毓荣建议恢复该地的原状，以便更好地管理当地的商业往来。
同年十月，蔡毓荣再次向朝廷呈递了一份详细的治理计划，这份计划被称为《筹滇十议疏》。他从十个方面提出了具体的措施：
蠲荒赋：云南地区经历了长达八年的叛乱，土地荒芜，人口锐减。蔡毓荣建议免除所有荒地的赋税，并鼓励民众前来开垦。他认为，只有通过减免赋税，吸引人们回归耕作，才能逐渐恢复土地的生产力。
制土夷：吴三桂曾滥授土司高官厚爵，蔡毓荣提议重新审查这些任命，并恢复那些因支持清廷而被剥夺职位的土司。对于那些在叛乱初期投诚的土司，可以暂时保留他们的官衔，但在未来应当按照正规程序重新任命。
靖逋逃：许多吴三桂的旧部在叛乱失败后逃散各地，蔡毓荣建议通过提供丰厚的赏金鼓励逃亡人员自首，并对隐瞒逃犯的行为进行严惩。对于抓获的逃犯，可以根据情况给予适当的宽恕，以鼓励更多人主动归案。
理财源：云南的财政状况不容乐观，蔡毓荣提议通过开采金银矿产增加收入，并在省会及周边城市设立铸币厂。他还建议出售前沐王府和叛逆者的财产，所得款项用于支持地方建设。
酌安插：对于那些曾经追随吴三桂但并未直接参与叛乱的人，蔡毓荣建议给予他们适当的安置，避免不必要的迁徙造成社会动荡。
收军仗：为防止私藏武器引发新的动乱，蔡毓荣下令严格控制武器的制造和流通，禁止任何私人拥有武器，并加强对土司和民众的监管。
劝捐输：鉴于云南地区民众普遍缺乏储蓄，蔡毓荣建议允许民众通过捐款来获得官职，以筹集资金用于救济灾民。
弭野盗：云南山区存在大量盗匪，蔡毓荣提议加强