到了乾隆帝继位后，尹继善更多地采取了奉迎之举。为了迎接乾隆帝的南巡，他将江南的名胜搜访殆尽，并加以修缮。乾隆二十一年（1756年），尹继善上奏请求举行南巡盛典，并提到自己已经对栖霞等地的名胜进行了增修，绘制了详细的图纸。他甚至为了增加景观，特意开挖了两个湖泊，命名为“彩虹”和“明镜”。对此，袁枚曾作诗讽刺道：“尚书抱负何曾展？展尽经纶在此山。”连大学士傅恒也写诗嘲笑他：“名胜前番也绝伦，闻今搜访更争新。”
然而，对于任何明智的帝王而言，臣僚的奉迎绝不是获得恩宠的主要原因。脚踏实地的竭忠尽智才是每个臣子安身立命的根本。乾隆帝在这方面尤为重视，他深知尹继善的好名用巧和居心不诚。
乾隆初年，尹继善的处境还算顺利，但不久后他便屡遭斥责。乾隆帝认为尹继善好名用巧，居心不诚。乾隆帝指责尹继善为政用巧，称其“貌为勇往任事，以求取信，而阴市私惠”，并警告其他官员不要效仿。乾隆还指责尹继善办事时存有“大事化小，小事化无”的想法。
乾隆十六年（1751年），尹继善被调任为两江总督，乾隆帝特别提醒他：“此处系向来得名之地，亦即失实之地，应如何奋勉，卿其自筹。”在处理延安营兵丁聚众鼓噪案件时，乾隆帝认为尹继善处罚过轻，指责他“好名市恩之念未改”，并对尹继善发出严厉警告，要求他痛改前非。
乾隆二十一年（1756年），尹继善处理杨中林“悖逆”案时，未将主犯定为凌迟之罪，仅判斩立决，遭到乾隆帝的严厉斥责。尹继善上奏称自己“愧惧”不已，乾隆帝怒斥道：“汝此等之愧惧亦已多矣，但不能动汝天良，奈何？”
乾隆帝屡次斥责尹继善好名用巧、居心不诚，尽管这与他对所谓“名臣”的疑忌有关，但也并非毫无根据。
其中一次较为着名的事件发生在乾隆二十二年（1757年）。在此之前，乾隆二十一年（1756年），江苏巡抚庄有恭因回家治丧离职前，上报了一起泰兴县捐职州同朱路因殴死人命，按例拟绞，现朱路（原字左日右冉）呈请赎罪，并已获准的案件。乾隆帝看到奏报后大为震惊，认为此事未经具题，即行准赎，显然是地方督抚擅自行事，不经上报。