乾隆帝派尹继善严审此案，要求查明真相。事实上，庄有恭擅自准许赎罪一事，此前曾告知尹继善。庄有恭与尹继善关系密切，庄有恭是乾隆四年（1739年）的进士，尹继善曾是其读卷官，并力荐其才，两人因此成为知交。当此案爆发时，尹继善一方面试图为庄有恭遮掩，另一方面却未主动供出自己早已知晓内情的事实。乾隆帝见尹继善迟迟未能查明实情，大怒，下令将庄有恭押至南巡接驾处，由乾隆帝亲自派大臣审讯。尹继善惧怕，这才将事情的前因后果和盘托出。
乾隆帝降旨批评尹继善：“庄有恭办理朱路黩罪外结一案，尹继善既经庄有恭告知，在存心公正者，即应据实参奏，请旨察议，否则正言阻止，庄有恭自不敢视为泛常，纵意手滑，致干重辟。及奉到谕旨，尹继善亦当备述前情，一面速为办理，乃迟回观望，希图模棱了事。经朕屡行饬催，并降旨庄有恭革职拿问，始称原曾与闻。是庄有恭之罪，乃尹继善实有以纵之，且酿成其事，始终皆由于尹继善。”最终，此案从宽了结，庄有恭虽被革职，但不久即被授予湖北巡抚，而尹继善因办理南巡有功，未受处分。
尹继善在乾隆朝屡遭斥责，深知自己受宠程度已不如雍正时期。因此，他变得愈发小心谨慎，时刻保持警惕。乾隆二十年（1755年）正月，乾隆帝指责尹继善沽名邀誉，四月，尹继善即上奏请求革除其长子户部员外郎庆云的职位，并将其发往锦州看守坟墓。乾隆二十八年（1763年），乾隆帝任命富尼汉为安徽按察使，尹继善又主动奏请，称富尼汉是其亲兄之女婿，同官一省实觉不便，建议将其另加录用。实际上，按照清朝规定，侄女婿并无须回避。
尽管尹继善生性豁达，胸怀开阔，但多次受到斥责，内心难免感伤。他曾和袁枚诗中有“鸟入青云倦亦飞”之句，吟诵时不禁唏嘘不已。袁枚感叹道：“想见当局者求退之难。”
此外，尹继善与鄂尔泰虽为至亲，但鄂尔泰对其人品有所微词。乾隆七年（1742年），袁枚赴江南任职前与鄂尔泰话别，论及当代名臣，鄂尔泰对尹继善意未满，唯独对总河顾琮赞赏有加，称其为“铁汉”。然而，袁枚赴江南后，与尹继善频繁来往，情谊深厚，而与顾琮仅有一面之缘。究其原因，大概是两人性格相近，均为风流倜傥之人，