然希望保全于敏中的名节，指示办案大臣不必追究于敏中生前的罪责。
案件经吴坛审理后，确认了于时和侵占家产的事实。最终，于时和被发配到伊犁充当苦役，而他带回家乡的于敏中遗产，酌情分配给了于德裕三万余两，其余部分全部充公，用于金坛地方的河道开浚工程。此外，苏松粮道章攀桂私下为于敏中修建花园的事情也被揭露，乾隆帝认为这是地方官员逢迎的结果，鉴于于敏中已去世，便未追究其责任，仅将章攀桂革职处理。
乾隆四十六年（1781年），浙江巡抚王亶望、陕甘总督勒尔谨及甘肃全省官员在捐监折收中捏报灾情冒领赈款的贪污大案被揭发。经过一年多的调查核实，共有56人被判处死刑，另有46人被免死发配边疆。涉案贪污金额高达二百八十一万一千三百五十余两，所有涉案的甘肃官员无一漏网。
王亶望贪污案处理结束后，乾隆帝意识到，真正酿成这一巨大贪污案的元凶并不是王亶望，而是不久前去世的于敏中。乾隆四十七年（1782年）十月，在处决了最后一批甘肃贪官后，乾隆帝发布了一道长篇谕旨。谕旨开头便指出，当年甘肃奏请恢复捐监时，“大学士于敏中管理户部，即行议准”，并且以节省部拨之烦为由，劝说乾隆帝同意了这一提议。乾隆帝也承认自己在这件事情上的失误。谕旨接着提到，当时王亶望为甘肃布政使，因有于敏中的庇护，得以放手贪污。最后，乾隆帝表示，由于于敏中“宣年力久，且已身故”，“朕不忍追治其罪”。
直到乾隆五十一年（1786年）二月初八日，乾隆帝在观赏一件明朝嘉靖年间的古瓷时，联想到嘉靖皇帝的昏庸和权奸严嵩的专横，进而想到了于敏中。乾隆帝认为于敏中利用皇帝的恩宠，招权纳贿，并推测“于敏中拥有厚赀，亦必系王亶望等贿求赂谢”。因此，乾隆帝下令将于敏中的牌位从贤良祠中撤出，以示警戒。