再次领导民众起义，反抗清廷的统治。面对这次起义，西安副都统明善率军前往镇压，但在与起义军交战时，清军不慎落入了起义军设下的埋伏圈，导致全军覆没，明善也在战斗中牺牲。
面对严峻的形势，清廷迅速作出反应，任命福康安为钦差大臣，并授权他带领军队前往甘肃平息民变。福康安随即驰骋千里，赶赴甘肃前线，并被授予参赞大臣的职务，与将军阿桂共同负责此次平叛行动。随着军队的推进，福康安被进一步任命为陕甘总督，负责整个区域的军政事务。
到达甘肃后，福康安与阿桂一起制定了详细的作战计划。他们首先切断了起义军的水源供给，并在各个战略要点布置兵力，逐步压缩起义军的活动空间。起义军的首领马四圭等人试图突围，但阿桂早已命参赞大臣海兰察在各处设下埋伏，阻止起义军的突围。福康安则在前线督战，指挥士兵作战，最终在激烈的战斗中消灭了大量起义军。
到了七月，福康安等人终于攻破了石峰堡，处死了起义军领袖马四圭，并俘虏了其他重要人物如张文庆等。随着这次起义被彻底平定，福康安因功被晋封为嘉勇侯。
在平定起义之后，福康安并未停止对当地社会的关注。鉴于甘肃一带的回民普遍崇尚武艺，而愿意通过科举考试进入仕途的人却很少，福康安为朝廷的长治久安考虑，上奏乾隆帝，提出了“教导回民”的善后措施。他提议在循化厅设立学校，以教授儒家经典和其他知识，希望能够引导回民走上文明的道路，同时也为政府培养更多可用之才。乾隆帝对此提议表示赞许，并予以支持。
此外，福康安还关注当地的经济发展，他曾上奏请求修建宁夏的水利设施，以促进农业灌溉和发展。这些措施不仅有助于改善当地民众的生活条件，也促进了边远地区的开发与繁荣。
乾隆五十年（1785年）七月，福康安返回京城担任户部尚书，次年（1786年）又转任吏部尚书，并被授予协办大学士的职位。
五、转战台湾
乾隆五十一年（1786年），台湾爆发了由林爽文领导的天地会起义，这场起义迅速发展成了一场大规模的民变。林爽文利用天地会的教义号召民众，迅速集结了大量的追随者，对清廷构成了严重的威胁。起义军在林