爽文的带领下，与清军展开了激烈的战斗，并接连攻克了多个县城。
清廷最初派遣闽浙总督佟佳·常青前往台湾镇压起义，但由于常青的镇压行动未能取得预期效果，起义军的声势反而越来越大，甚至一度包围了府城。面对这一局面，清廷不得不采取更加果断的措施。
乾隆五十二年（1787年）七月，乾隆帝改派福康安为将军，与参赞大臣海兰察共同前往台湾平叛。福康安与海兰察率领大军渡过台湾海峡，于同年十一月抵达鹿仔港（今台湾彰化的鹿港），并在登陆后迅速展开行动。福康安选择从新埤进兵，首先向包围诸罗（今台湾嘉义）城的起义军发起进攻。
在仑仔顶的战斗中，起义军从竹林中出击，试图抵挡清军的攻势。福康安命令部队保持队形，自己则亲自率领精锐的巴图鲁侍卫冲锋陷阵，起义军最终被击败。随后，清军攻克了俾长等十余个村庄，迫使起义军撤退，解除了诸罗城的围困。福康安率军追击至大排竹，通过决溪引水的方式渡过军队，并焚烧了起义军的营地。凭借这一战，福康安扭转了战局，解除了诸罗城的危机，因此被封为一等嘉勇公，并获得了红宝石帽顶和四团龙补服作为奖励。
到了十二月，福康安继续指挥清军对起义军进行围剿。他率兵从内陆山区搜索至打铁寮等地，并分兵堵截海口及各个重要隘口，以防起义军逃窜。为了避免林爽文在追捕过程中自杀，福康安秘密派出十名巴图鲁侍卫和数百名士兵，乔装打扮后深入山林，最终在乾隆五十三年（1788年）正月，在老衢崎成功捕获了林爽文。
林爽文被捕后，福康安并没有放松警惕。同年二月，他继续督兵前往台湾南部，追剿起义军残部。福康安率领清军追击至台湾最南端的郎峤，并采取水陆并进的方式，最终在乾隆五十三年（1788年）俘获了南路起义军的首领庄大田。至此，台湾的起义军被彻底镇压下去。
在平定台湾林爽文起义之后，福康安因其在此次战役中的杰出表现，获得了清廷的高度评价和丰厚的奖赏。乾隆帝赐给他黄腰带和金黄珊瑚朝珠作为表彰，并下令在台湾郡城及嘉义县为福康安建立生祠，以示对他的敬仰和感谢。同时，乾隆帝还在紫光阁绘制了“平定台湾前二十功臣”的画像，福康安位列第四，仅次于